L'Atalante è solo uno dei numerosi laghi di questo tipo sotto le acque normali del Mediterraneo. Quando lo stretto di Gibilterra fu chiuso, circa sei milioni di anni fa, il Mediterraneo si asciugò e divenne un enorme lago salato, un po' come lo sono oggi il Mar Morto e il Grande Lago Salato. Poi si asciugò completamente, lasciando un'enorme quantità di sale. Quando lo stretto di Gibilterra si riaprì circa cinque milioni di anni fa, l'acqua dell'Oceano Atlantico si precipitò a formare il Mediterraneo che vediamo oggi. Ancora oggi, l'Atlantico alimenta il Mediterraneo con acqua, perché l'evaporazione del Mediterraneo è maggiore di quella fornita dai suoi fiumi. Con la sua enorme riserva di sale sottostante e l'evaporazione costante, il Mediterraneo è un mare molto salato rispetto all'Atlantico.
Il lago dell'Atalanta e i suoi vicini, i laghi Urania e Discovery, hanno circa 35.000 anni. Sono stati formati da depositi di sale che si sono dissolti dalla cresta del Mediterraneo e si sono raccolti in profonde depressioni sul fondo del Mediterraneo. L'Atalante è il più piccolo dei tre. La sua superficie inizia a circa 3.500 m (11.500 piedi) sotto il livello del mare.
Contenuto di sale
La salinità (contenuto di sale) de L'Atalante è vicina alla saturazione, al 36,5%, circa otto volte più dell'acqua di mare. Questo impedisce all'acqua della piscina di salamoia di mescolarsi con l'acqua di mare "normale" di sopra. Senza miscelazione, l'ossigeno dall'alto non può entrare nella piscina di salamoia. L'acqua del bacino è completamente anossica: non ha ossigeno.
Tra l'acqua normale e la salamoia c'è una breve zona di confine (1,5 metri) chiamata aloclino. Lì il contenuto di sale aumenta bruscamente e l'ossigeno si riduce verso lo zero. Questo aloclino tra l'acqua di mare di sopra e la salamoia di sotto ha molte cellule batteriche e arcaiche: sono chemoautotrofi, che si nutrono di ammoniaca dalla salamoia ma non possono funzionare senza un po' di ossigeno. Alcuni ossidatori di metano e aloarchei si trovano solo nell'aloclino.
