Intorno al 1000 a.C., grandi gruppi di persone si stabilirono in questa zona. Questi erano gli Umbri. Vivevano in piccoli villaggi fortificati su un'altura. Dal 450 a.C. i villaggi umbri furono conquistati dagli Etruschi. Poi i Romani presero il controllo dell'Italia centrale con la battaglia di Sentinum nel 295 a.C. Spianarono alcuni terreni a terrazze (ampie scalinate) e costruirono una grande città chiamata Asisium sul lato del Monte Subasio. Questa città divenne Assisi. Alcuni edifici sono ancora visibili ad Assisi dall'epoca romana. Essi includono le mura, la piazza principale, e il Tempio della Dea Minerva, che ora è una chiesa chiamata Santa Maria sopra Minerva.
Nel 238 d.C. tutto il popolo di Assisi divenne cristiano, grazie all'insegnamento del vescovo Rufino. Egli fu martirizzato. Si crede che il suo corpo sia sepolto sotto la chiesa cattedrale di San Rufino ad Assisi.
Gli Ostrogoti del re Totila distrussero la maggior parte della città nel 545. Poi Assisi fu governata dai Longobardi, che venivano dal nord dell'Italia, e poi dai franchi.
Nell'XI secolo (1000), Assisi divenne una città libera. Ma c'erano continue lotte tra due gruppi chiamati Ghibellini e Guelfi. Assisi sosteneva principalmente i ghibellini, ma la grande città più vicina, Perugia, sosteneva i guelfi. Durante la battaglia di Ponte San Giovanni, i guelfi di Perugia riuscirono a catturare un giovane di Assisi. Il suo nome era Francesco di Bernardone. Fu in parte a causa delle sue esperienze quando fu catturato che il giovane Francesco decise che sarebbe cambiato dall'essere un soldato. Quando tornò alla casa paterna, mise via tutte le sue ricchezze e divenne un povero predicatore errante, dicendo alla gente di rivolgersi a Dio e di vivere in pace gli uni con gli altri. Lavorò con i poveri e gli emarginati. Non avevano una chiesa, se non una rovina. San Francesco e i suoi amici ricostruirono la minuscola chiesa in rovina per i pastori e gli altri poveri, affinché vi potessero rendere culto. Si chiama "Porziuncola". Francesco (Francesco) fondò l'Ordine dei Francescani. Fu "canonizzato" (fatto santo) nel 1228 ed è conosciuto come San Francesco. È uno dei santi più popolari.
Una grande chiesa basilica fu costruita sul lato della montagna, in onore di San Francesco, e fu splendidamente decorata con scene della sua vita. Una delle scene più famose mostra la storia di San Francesco che predica agli uccelli. Nel 1997 Assisi fu colpita da due terremoti. Una parte del tetto della basilica cadde, uccidendo quattro persone che si trovavano sotto, e danneggiando il soffitto dipinto. Molte persone "fecero donazioni" (diedero soldi) per riparare l'edificio che fu riaperto meno di due anni dopo.
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