La riproduzione nel Paramecium è stata studiata per molti anni. Il Paramecium ha due nuclei (un grande macronucleo e un singolo micronucleo compatto). Non possono sopravvivere senza il macronucleo e non possono riprodursi senza il micronucleo. La riproduzione avviene per fissione binaria (asessuata), coniugazione (sessuale) o, raramente, per endomissia, un processo di autofecondazione. Durante la fissione binaria un organismo completamente cresciuto si divide in due cellule figlie. La coniugazione consiste nell'unione temporanea di due organismi e nello scambio di elementi micro-nucleari. Senza gli effetti ringiovanenti della coniugazione un paramecio invecchia e muore. Solo tipi di accoppiamento opposti, o organismi geneticamente compatibili, possono unirsi nella coniugazione.
Questo sistema riproduttivo è unico per i ciliati, ed è una delle ragioni per cui pensiamo che il Protista non sia un clade naturale (monofiletico), ma piuttosto un insieme polifiletico di organismi unicellulari.
Paramecium aurelia
Questa specie è composta da 14 "syngens", ognuno geneticamente isolato da ogni altro e biochimicamente unico. Ogni syngen ha due tipi di accoppiamento. I syngen sono così simili nell'aspetto che non sono stati dati loro nomi di specie separati. p322
Paramecia killer e particelle kappa
Si tratta di parameci che secernono, nel mezzo che li circonda, particelle che uccidono altri parameci. Questo tratto assassino è causato dalle particelle kappa, che sono batteri simbionti. Le particelle kappa si trovano solo nei parameci con un gene K dominante. L'uccisione è fatta da particelle più piccole che sono fagi DNA difettosi. Il batterio kappa è solo uno dei tanti che si trovano nelle popolazioni naturali di Paramecium aurelia. p243/4
