XVIII secolo
L'anno 1795 segnò l'inizio della Repubblica Bataviana. Uno dei membri del nuovo governo era Isaac Gogel. Suggerì un nuovo museo nazionale, come il Louvre francese. Il 19 novembre 1798, il governo accettò il museo.
Il 31 maggio 1800, il nuovo museo fu aperto. All'inizio era conosciuto come la Galleria Nazionale d'Arte (olandese: Nationale Kunst-Galerij). Aveva circa 200 dipinti e altri oggetti. Questi provenivano dalle collezioni degli stadtholders olandesi.
XIX secolo
Nel 1806, il Regno d'Olanda fu istituito da Napoleone Bonaparte. Sostituì la Repubblica Bataviana. Nel 1808, il museo si trasferì ad Amsterdam per ordine di Luigi Bonaparte. Dopo il trasferimento, furono aggiunti altri dipinti. Questi includevano La ronda di notte di Rembrandt.
Nel 1863, ci fu un concorso di progettazione per un nuovo edificio per il museo. Nessuna delle proposte fu selezionata.
Nel 1876, si tenne un nuovo concorso e questa volta vinse Pierre Cuypers. Il suo progetto era un mix di gotico e rinascimentale. I lavori per il nuovo edificio iniziarono il 1 ottobre 1876. Fu inaugurato il 13 luglio 1885.[dead link]
Nel 1890, un altro edificio fu aggiunto a breve distanza a sud-ovest del Rijksmuseum. Questo fu fatto con pezzi di edifici demoliti. Da allora è diventato noto come "l'edificio dei frammenti". È anche conosciuto come "ala sud" ed è attualmente (nel 2013) marchiato come l'ala Philips.
20° secolo
Nel 1906, la sala della guardia notturna fu ricostruita. Altri cambiamenti furono fatti tra gli anni '20 e '50. Negli anni '60 furono costruite stanze e piani extra. Altri cambiamenti e riparazioni furono fatti nel 1984, 1995-1996 e 2000.
L'ala sud del museo è stata riparata nel 1996.
21° secolo
Nel dicembre 2003, l'edificio principale fu chiuso per riparazioni. Durante queste riparazioni, circa 400 oggetti potevano ancora essere visti nell'ala sud. Questi includevano La ronda di notte di Rembrandt e altri dipinti del XVII secolo.
Le riparazioni sono state completate il 16 luglio 2012. Il 13 aprile 2013, l'edificio principale è stato riaperto.