Storia antica (1502-1658)
L'isola fu scoperta nel 1502 dall'ammiraglio portoghese João da Nova, che la chiamò "Santa Elena" in onore di Elena di Costantinopoli. La data tradizionale di questa scoperta è stata a lungo ritenuta il 21 maggio, ma i risultati di un'indagine sulla scoperta pubblicata nel 2015 hanno concluso che questa data è probabilmente sbagliata, il 3 maggio sembra essere storicamente più valida. Un'altra teoria sostiene che l'isola trovata da De Nova fosse in realtà Tristan da Cunha, 2.430 chilometri (1.510 miglia) a sud, e che Sant'Elena fu scoperta da alcune delle navi al comando di Estêvão da Gama il 30 luglio 1503.
I portoghesi trovarono l'isola disabitata, con un'abbondanza di alberi e di acqua dolce. Importarono bestiame, alberi da frutta e verdura, e costruirono una cappella e una o due case. Sebbene non costituissero un insediamento permanente, l'isola era, per le navi che viaggiavano dall'Asia all'Europa, un luogo importante dove fermarsi per procurarsi cibo e acqua, e spesso i marinai malati venivano lasciati sull'isola per riprendersi. Dopo il 1588, l'isola fu visitata anche da navi olandesi e inglesi.
La Repubblica olandese rivendicò formalmente Sant'Elena nel 1633, anche se non ci sono prove che l'abbiano mai occupata, colonizzata o fortificata. Nel 1651 gli olandesi avevano abbandonato l'isola principalmente a favore della loro colonia al Capo di Buona Speranza.
Compagnia delle Indie Orientali (1658-1815)
Nel 1657, la Compagnia Inglese delle Indie Orientali ottenne il permesso di governare Sant'Elena da Oliver Cromwell, e l'anno successivo la Compagnia decise di colonizzare l'isola con i contadini. Il primo governatore, il capitano John Dutton, vi arrivò nel 1659 e fece di Sant'Elena una delle più antiche colonie della Gran Bretagna al di fuori del Nord America e dei Caraibi. Fu completato un forte e furono costruite diverse case. Dopo la restaurazione della monarchia inglese nel 1660, la Compagnia delle Indie Orientali ricevette un permesso reale per avviare una colonia nell'isola. Il forte fu chiamato James Fort e la città di Jamestown, in onore del Duca di York, poi re Giacomo II d'Inghilterra.
L'importazione di schiavi fu resa illegale nel 1792 e i lavoratori cinesi furono portati a lavorare nelle fattorie. A molti fu permesso di restare, e i loro discendenti si integrarono nella popolazione.
Il dominio britannico (1815-1821) e l'esilio di Napoleone
Nel 1815 il governo britannico decise di utilizzare l'isola di Sant'Elena come luogo di detenzione per Napoleone Bonaparte. Per impedire qualsiasi tentativo di fuga dalle isole vicine, annessero formalmente le isole dell'Ascensione e Tristan da Cunha. Nel 1821 Napoleone morì sull'isola di Sant'Elena.
Nel 1858, l'imperatore francese Napoleone III ottenne il possesso, in nome del governo francese, di Longwood House e delle terre circostanti, ultima residenza di Napoleone I (che vi morì nel 1821). È ancora proprietà francese.
Colonia della Corona (1834-1981)
Il 22 aprile 1834 l'isola di Sant'Elena divenne una colonia della corona britannica.
Un'industria locale che utilizzava la fibra di lino neozelandese è stata ristabilita con successo nel 1907 e ha generato un reddito considerevole durante la prima guerra mondiale. Tuttavia, l'industria è diminuita a causa dei costi di trasporto e della concorrenza delle fibre sintetiche e l'ultima industria del lino ha chiuso nel 1965.
Nel 1922, l'Ascensione fu annessa come dipendenza, seguita dall'isola di Tristan da Cunha il 12 gennaio 1938.
1981 a oggi
Nel 1981, il governo britannico ha cambiato lo status di Sant'Elena e delle altre colonie della Corona in "Territori Dipendenti Britannici".
Nel 2009, Sant'Elena e i suoi due territori hanno ricevuto lo stesso status con una nuova costituzione, e il Territorio d'Oltremare britannico è stato rinominato Sant'Elena, Ascensione e Tristan da Cunha.