La sorgente dello Yaque del Norte si trova ad un'altezza di 2.580 m, sulla montagna Pico del Yaque, nella parte centrale della Cordillera Central.
Ma in questo luogo, il fiume si chiama Los Guanos o Río de la Derecha ("Fiume a destra"). Il nome Yaque del Norte è usato solo quando questo piccolo fiume si unisce ad un altro piccolo fiume, Los Tablones o Río de la Izquierda ("Fiume a sinistra") a Manabao, ad ovest di Jarabacoa, ad un'altezza di 900 m.
Da Manabao, il fiume scorre verso est, attraverso la parte nord-occidentale della provincia di La Vega. Quando arriva a Jarabacoa, gira verso nord, verso il Santiago. Il fiume Jimenoa, l'unico importante affluente destro dello Yaque del Norte, si unisce a Jarabacoa.
A Santiago de los Caballeros, il fiume gira verso nord-ovest e scorre per la valle di Yaque del Norte, la parte occidentale della valle di Cibao.
La sua foce è sulla baia di Montecristi, a sud della città di San Fernando de Monte Cristi, sull'Oceano Atlantico.
I suoi affluenti di sinistra più importanti sono i fiumi Bao, Ámina, Mao e Guayubín.