Gran parte della popolazione dello Stato Indipendente di Croazia non era croata, soprattutto a causa dell'inclusione della Bosnia. Aveva popolazioni significative di serbi (circa il 19% della popolazione della Croazia a quel tempo, oltre il 30% della popolazione di NDH), musulmani bosniaci (il più grande gruppo di popolazione della Bosnia a quel tempo, e oltre il 10% della popolazione di NDH), tedeschi, ungheresi e altri. I cattolici (principalmente croati, tedeschi e magiari) costituivano poco più del 50% dei 6,3 milioni di abitanti. Mile Budak, politico e ministro della NDH - anche scrittore croato - colse subito l'occasione per proclamare i musulmani come "fratelli" e voleva costringerli a convertirsi al cristianesimo. Molti croati sono d'accordo con l'idea che la maggior parte dei musulmani bosniaci sono in realtà croati che sono stati convertiti all'Islam durante l'invasione dei turchi nel 15° secolo.
Molti musulmani bosniaci accettarono la NDH (in molti casi furono costretti ad accettarla sotto la pena di convertirsi al cristianesimo o essere giustiziati) e furono immediatamente coinvolti. La più infame delle divisioni islamiche Ustase fu la 13a divisione Waffen Mountain delle SS Handschar. In rispetto ai soldati di fede musulmana, fu costruita una moschea a Zagabria - la capitale della Croazia - conosciuta come "Poglavnikova dzamija" o Moschea di Poglavnik. Nonostante le assicurazioni di Pavelić di uguaglianza con i croati, molti musulmani divennero rapidamente insoddisfatti del governo croato. Un leader musulmano riferì che nessun musulmano occupava un posto influente nell'amministrazione. Nel territorio della NDH scoppiarono feroci combattimenti tra ustascia, ceceni e partigiani jugoslavi. Alcune unità della milizia ustascia si convinsero che i musulmani erano simpatizzanti comunisti, e bruciarono i loro villaggi e uccisero molti civili.
L'Ustase promulgò quasi immediatamente delle leggi razziali che riflettevano l'accettazione dell'ideologia della Germania nazista e dell'Italia fascista, con un'enfasi posta sulle questioni nazionali croate.
Il primo "Ordine legale per la difesa del popolo e dello stato" del 17 aprile 1941 ordinava la pena di morte per "la violazione dell'onore e degli interessi vitali del popolo croato e la sopravvivenza dello Stato indipendente di Croazia". Seguirono presto l'"Ordine legale delle razze" e l'"Ordine legale della protezione del sangue ariano e dell'onore del popolo croato" del 30 aprile 1941, nonché l'"Ordine della creazione e definizione del comitato politico-razziale" del 4 giugno 1941. L'applicazione di questi atti legali fu fatta non solo attraverso i tribunali normali, ma anche nuovi tribunali fuori ordinanza e corti marziali mobili con giurisdizione estesa.
Le carceri normali non potevano più sostenere il tasso di nuovi detenuti e il governo degli Ustaša iniziò a preparare il terreno che sarebbe diventato il campo di concentramento di Jasenovac nel luglio 1941. Il regime avrebbe poi formato campi di concentramento in undici luoghi diversi.
Gli ustascia iniziarono a condurre una campagna deliberata di omicidio di massa, deportazione e conversione religiosa forzata nel tentativo di eliminare i serbi. Gli ebrei e gli zingari furono esposti all'annientamento totale, cioè alla campagna di omicidio di massa e, in minor misura, alla deportazione.
Il campo di concentramento di Jasenovac sarebbe diventato il luogo di assassinio di fino a centomila persone (alcuni stimano che questo campo fu il terzo campo più grande della seconda guerra mondiale). Il conteggio complessivo dei morti dell'Ustase è stimato intorno alle 600.000 persone, ma tutte le registrazioni scritte furono distrutte per coprirlo.
Lo stato di terrore permanente, le uccisioni di massa, lo stupro delle donne e il saccheggio delle proprietà delle loro vittime nello Stato Indipendente di Croazia costrinsero soprattutto i serbi a ribellarsi. Secondo i rapporti di Glaise von Horstenau, Hitler era arrabbiato con Pavelić la cui politica ha infiammato la ribellione in Croazia - per cui Hitler ha perso la capacità di impegnare le forze dello Stato Indipendente di Croazia sul fronte orientale. Inoltre, Hitler fu costretto a impegnare le sue forze per sedare la ribellione. Per questo motivo, Hitler convocò Pavelić al suo quartier generale di guerra a Vinica (Ucraina) il 23 settembre 1942. Di conseguenza, Pavelić sostituì il suo ministro delle Forze Armate, Slavko Kvaternik, con il meno zelante Jure Francetić. Prima di incontrare Hitler, per tranquillizzare il pubblico, Pavelić pubblicò l'"Importante annuncio del governo" ("Važna obavijest Vlade") in cui minacciava coloro che diffondevano le notizie "sulle inesistenti minacce di disarmo delle unità ustascia da parte dei rappresentanti di una potenza straniera, sulla sostituzione dell'esercito croato con un esercito straniero, sulla possibilità che una potenza straniera prendesse il potere in Croazia..." (Hrvatski narod, 3 settembre 1942).
Hans Helm, il capo nominato della Gestapo per lo Stato Indipendente di Croazia, nel suo rapporto confidenziale - (sotto il titolo "Base del pericolo partigiano" - inviato al generale Kasche) del 14 gennaio 1943, scrisse: "La maggior parte delle file partigiane provengono dai serbi - a causa del fatto che essi sono il modo più cattivo perseguitato ... il nuovo regime in Croazia ha iniziato i programmi di annientamento e distruzione dei serbi, che (i programmi) sono sostenuti pubblicamente dai più alti ranghi del governo croato, e (i programmi) adottati come principale obiettivo del governo. Il fatto che dalla parte ufficiale ustascia - sotto la pressione della ribellione e a causa del corso degli eventi - si parlasse addirittura di una riconciliazione - non lascia alcuna possibilità di compensare il danno causato, per esempio, dal dottor Mile Budak, l'attuale ministro (croato) a Berlino..." Il generale designato Horstenau ha scritto nel suo rapporto: "Il movimento Ustashe è, a causa degli errori e delle atrocità commesse, e della corruzione, così compromesso che il ramo esecutivo del governo (la guardia nazionale e la polizia) deve essere separato dal governo - anche al prezzo di rompere ogni possibile connessione con il governo ..."
