La microbiologia medica, conosciuta anche come ''microbiologia clinica'', è lo studio dei microbi, come batteri, virus, funghi e parassiti, che causano malattie umane e il loro ruolo nella malattia.

I microbi e il ramo della microbiologia sono i più studiati a causa della loro grande importanza per la medicina.

La microbiologia medica studia lo sviluppo e il progresso della malattia infettiva in un paziente e nella popolazione umana (epidemiologia). È legata allo studio della patologia e dell'immunologia delle malattie. È una branca della medicina e della microbiologia e comprende cinque scienze: batteriologia, virologia, parassitologia, immunologia e micologia.