Pontarlier è un comune francese nel dipartimento del Doubs, regione della Borgogna-Franche-Comté, nella Francia orientale vicino al confine con la Svizzera. È una sottoprefettura del dipartimento ed è anche la capitale dell'arrondissement di Pontarlier.

Pontarlier è il terzo comune del dipartimento per popolazione, dopo Besançon e Montbéliard.