I primi abitanti della zona di cui siamo a conoscenza vivevano nella valle del fiume Moldava intorno al 500 a.C. Le tribù slave arrivarono in Boemia nel 500 d.C. circa. C'è una leggenda su come è nata la città di Praga. La principessa Libuše, capo di una tribù slava, scelse un semplice contadino Přemysl come marito. Gli disse di andare a cercare un villaggio sulle rive della Moldava e di fondarvi una città. La città divenne Praga, governata dalla famiglia Přemyslid.
Nella seconda metà del IX secolo furono costruite le fortificazioni originali del castello. Durante il regno di Venceslao I (Václav in ceco) nel X secolo fu costruita la chiesa di San Vito al castello di Praga. Venceslao fu assassinato da suo fratello mentre andava in chiesa. In seguito fu fatto santo. All'inizio dell'XI secolo la famiglia Přemyslid ottenne il potere anche in Moravia. Vratislav II fu il primo monarca ad essere chiamato re di Boemia.
Un altro sovrano, chiamato anche Venceslao I, governò come re di Boemia dal 1230. Egli incoraggiò le arti. Molti tedeschi vennero a vivere a Praga. Nel 1257 il re Otakar II fondò l'area di Praga chiamata il Piccolo Quartiere per far vivere i tedeschi. L'ultimo dei re přemyslidi fu il re Venceslao III. Fu assassinato in Moravia.
Durante il Medioevo Praga divenne molto importante come capitale del Sacro Romano Impero governato da Carlo IV (1316-1378) che era il sovrano più potente d'Europa a quel tempo. Carlo fece di Praga una grande città, costruendo la Cattedrale di San Vito, un'università e un famoso ponte chiamato Ponte Carlo che esiste ancora.
Dopo Carlo IV ci furono molte discussioni e lotte a Praga. Un prete chiamato Jan Hus disse che la Chiesa Cattolica era diventata troppo potente. Fu arrestato e bruciato sul rogo nel 1415. Molte persone erano d'accordo con quello che diceva Hus. Queste persone furono chiamate Hussiti. Gettarono un sacco di persone cattoliche importanti fuori dalla finestra (chiamata "defenestrazione"). Seguirono molte altre lotte, e per molti anni la Boemia fu governata da re che vivevano in altri paesi.
Dal 1526 la famiglia Asburgo governò la Boemia. Erano cattolici e governavano il Sacro Romano Impero. Nel 1576 l'imperatore Rodolfo II spostò la capitale da Vienna a Praga. Praga divenne di nuovo una città ricca e la gente era libera di professare il proprio culto come cattolici o protestanti. Dopo Rodolfo II ci furono molte lotte religiose e più persone furono gettate dalle finestre. Alla fine i combattimenti divennero parte della Guerra dei Trent'anni. Quando Ferdinando II vinse i combattimenti, molti protestanti lasciarono il paese. I nuovi edifici di Praga furono costruiti in stile barocco. A corte si parlava la lingua tedesca, non il ceco. Maria Teresa fu l'unica regina a regnare su Praga. Uno dei suoi 16 figli fu Maria Antonietta che divenne regina di Francia. Quando suo figlio Giuseppe II regnò, la gente smise di litigare per la religione. La gente era libera di dire quello che pensava e non c'era più la servitù della gleba. Praga ora aveva tre parti: la Città Vecchia, il Piccolo Quartiere e la Città Nuova. Personaggi famosi come Wolfgang Amadeus Mozart visitavano spesso la città.
Nel XIX secolo l'industria arrivò a Praga. Furono costruite fabbriche, fu costruita una ferrovia tra Praga e Vienna. Il movimento nazionalista ceco divenne molto forte dopo il 1848. Volevano usare la loro lingua invece del tedesco. I compositori Smetana e Dvořák scrissero musica sul loro paese, spesso usando canzoni popolari ceche. Il Teatro Nazionale fu aperto nel 1881.
Nel giugno 1914 l'arciduca Francesco Ferdinando, erede al trono asburgico, fu assassinato. Questo portò alla prima guerra mondiale. Dopo la guerra fu formata una repubblica indipendente chiamata Cecoslovacchia con Praga come capitale. Boemia, Moravia e Slovacchia ne facevano parte. Nel 1938 Hitler invase il paese. Fu liberato dalle truppe sovietiche nel maggio 1945. Tuttavia, i comunisti presero presto il potere e il paese fu governato da comunisti che dovevano obbedire all'Unione Sovietica. Il primo ministro Alexander Dubček cercò gradualmente di fare delle riforme. Questo periodo è chiamato "Primavera di Praga". Nel 1968 l'Unione Sovietica mandò i carri armati a Praga in Piazza Venceslao per ripristinare il loro potere.
La democrazia arrivò gradualmente a Praga nel 1989, quando ci fu la rivoluzione di velluto. Nel 1993 la Repubblica Ceca e la Slovacchia si sono divise in due paesi. Oggi entrambi questi paesi fanno parte dell'UnioneEuropea.
