Le stromatoliti sono speciali strutture rocciose. Di solito si formano in acque poco profonde.

Sono formati da batteri come i cianobatteri. Ci possono essere anche altri tipi di batteri e alghe monocellulari.

Il muco secreto dai batteri raccoglie i granelli di sedimenti, che vengono attaccati insieme al carbonato di calcio, anch'esso proveniente dai batteri. Questo si accumula nelle strutture che si vedono in alcune baie costiere. I cianobatteri usano l'acqua, l'anidride carbonica e la luce del sole per creare il loro cibo ed espellere l'ossigeno come sottoprodotto.

Il vero significato delle stromatoliti è che sono le prime testimonianze fossili della vita sulla Terra. Le più antiche stromatoliti conosciute sono state datate tra 3.710 milioni di anni e 3.695 milioni di anni fa, e sono state scoperte da un affioramento esposto di rocce metacarboniche nella fascia sopracrustale di Isua (ISB) nella Groenlandia sudoccidentale. Le stromatoliti ISB hanno preceduto di oltre 215 milioni di anni la precedente prova multidisciplinare più convincente e generalmente accettata per la vita più antica: le stromatoliti nella formazione del Dresser del cratone di Pilbara, risalente a 3.480 milioni di anni fa, nell'Australia occidentale.

Un tempo le più antiche stromatoliti conosciute erano datate a 3.450 milioni di anni fa, durante l'eone arcaico, ma le scoperte più recenti di stromatoliti più antiche forniscono prove in accordo con gli studi sull'orologio molecolare genetico che hanno posto l'origine della vita nell'eone Adeano.

La capacità dei cianobatteri di eseguire la fotosintesi ossigenica è molto significativa. Si ritiene che i primi cianobatteri nelle stromatoliti siano in gran parte responsabili dell'aumento della quantità di ossigeno nell'atmosfera terrestre primaverile attraverso la loro continua fotosintesi. Sono stati i primi organismi conosciuti a fotosintesi e a produrre ossigeno libero. Dopo circa un miliardo di anni, l'effetto di questa fotosintesi ha cominciato a produrre un enorme cambiamento nell'atmosfera. Il processo, chiamato GrandeEvento di Ossigenazione, in realtà ha richiesto molto tempo. Alla fine, ha ucciso la maggior parte degli organismi che non potevano vivere in ossigeno, e ha portato al tipo di ambiente che conosciamo oggi, dove la maggior parte degli organismi usa e ha bisogno di ossigeno.