Pubblicazione privata
Il libro manoscritto di Potter aveva il titolo di Il racconto di Peter Rabbit e il giardino di Mr. Il manoscritto fu rifiutato da sei editori. Anche Frederick Warne & Co. si rifiutò di stamparlo, anche se aveva mostrato interesse per le sue opere diversi anni fa. Alcuni editori volevano una storia più breve. Altri ne volevano una più lunga. Quasi tutti gli editori volevano che le immagini fossero colorate. Potter si sentiva sempre più frustrata perché il suo libro continuava a essere rifiutato. Aveva già pianificato come doveva essere il suo libro. Voleva che lo stile e le dimensioni del suo libro fossero come Little Black Sambo. Aveva anche già pensato a quanto avrebbe dovuto costare.
Alla fine ha deciso di pubblicare il libro da sola. Il 16 dicembre 1901, le prime 460 copie del suo libro "Il racconto di Peter Rabbit", stampato privatamente, furono distribuite alla sua famiglia e ai suoi amici.
Prima edizione commerciale
Nel 1901, un amico della famiglia di Potter, Canon Hardwicke Rawnsley, cambiò la storia di Potter in una poesia e provò a dare la sua versione, insieme alle sue illustrazioni e ad alcuni suoi scritti corretti, a Frederick Warne & Co. La società ha rifiutato la versione della Rawnsley, ma voleva vedere il manoscritto completo di Potter. Speravano che The Tale of Peter Rabbit avesse lo stesso successo del popolarissimo Little Black Sambo di Helen Bannerman e di altri libri per bambini che all'epoca venivano venduti. Quando Warne chiese perché non ci fossero colori nelle illustrazioni, però, Potter rispose che i colori marrone coniglio e verde non erano interessanti. Warne disse che non avrebbe pubblicato il libro, ma che avrebbe potuto pubblicare altri libri scritti da lei in seguito.
Warne voleva delle illustrazioni a colori in The Tale of Peter Rabbit, che ha chiamato il "libro dei conigli". Ha anche suggerito di usare solo 32 illustrazioni invece delle prime 42 illustrazioni. All'inizio, Potter non voleva colorare le sue illustrazioni, ma si rese conto che non colorare le sue illustrazioni sarebbe stata una cattiva idea. Mandò a Warne alcune nuove illustrazioni a colori con una copia della sua edizione stampata privatamente. Warne diede poi a questi due il famoso artista di libri illustrati, L. Leslie Brooke, per vedere cosa ne pensava delle immagini. Brooke era entusiasta del lavoro di Potter. Allo stesso tempo, i piccoli libri illustrati divennero molto popolari.
Potter ha continuato a mostrare copie stampate privatamente alla sua famiglia e ai suoi amici. Ben presto la prima stampa privata di 250 copie fu esaurita, e ne dovettero preparare altre 200. In una copia annotò che il suo coniglietto Peter era morto il 26 gennaio 1901. Aveva nove anni.
Potter e Warne hanno accettato di pubblicare 5.000 copie a buon mercato. L'anno successivo, nel giugno 1902, fu firmato un contratto ufficiale. Potter si impegnò a fondo nel processo di pubblicazione della storia: disegnò di nuovo i suoi disegni quando ne aveva bisogno, apportò piccole modifiche alla scrittura e correggeva la punteggiatura. Ancora prima della sua pubblicazione, all'inizio di ottobre 1902, le prime 8.000 copie furono vendute. Alla fine dell'anno erano già state stampate 28.000 copie. A metà del 1903 c'era una quinta stampa, e nello stesso mese c'era una sesta stampa. Un anno dopo la prima pubblicazione commerciale sono state stampate 56.470 copie.
Diritto d'autore americano
L'ufficio di Warne a New York non ha registrato il copyright di The Tale of Peter Rabbit negli Stati Uniti. Per questo motivo, nella primavera del 1903 cominciarono a comparire copie non autorizzate del libro. Nulla poteva fermare la stampa delle copie senza licenza.
Questo ha fatto perdere a Potter un sacco di soldi. Cominciò a rendersi pienamente conto della necessità di concedere la licenza per i suoi libri quando, dopo aver pubblicato con successo Il racconto dello scoiattolo Nutkin, suo padre trovò uno scoiattolo giocattolo chiamato Nutkin alla Burlington Arcade nel Natale del 1903.