L'Everton ha iniziato nel 1878 con il nome di St Domingo's FC. All'inizio era solo per le persone che andavano alla chiesa di St Domingo, ma così tante persone erano interessate che lasciarono entrare anche le persone della zona. Un anno dopo il club fu rinominato Everton Football Club, come la zona. La prima partita in assoluto dell'Everton Football Club fu contro una squadra chiamata St Peter's nel 1879. L'Everton vinse 6-0.
L'Everton entrò in FA Cup nella stagione 1886/87. Furono battuti 1-0 dai Rangers nel primo turno. Mentre il calcio diventava sempre più popolare in Inghilterra, i club si resero conto che avevano bisogno di un campionato organizzato. Nel 1888 fu fondata la Football League. L'Everton fu uno dei 12 membri fondatori. Il Preston North End vinse le prime due leghe e l'Everton vinse la terza nel 1891. Hanno vinto il loro secondo trofeo, la FA Cup, nel 1905 ma non ne hanno vinto un altro fino al 1916. Non fu fino al 1927 che l'Everton ebbe il suo primo periodo di lungo successo. Nel 1925 firmarono Dixie Dean e nel 1927 segnò 60 gol in 39 partite, stabilendo un nuovo record mondiale e portando l'Everton ad un altro titolo di campionato. L'Everton fu retrocesso, o mandato giù, in seconda divisione nel 1930/1931. Entro un anno sono stati promossi di nuovo, e il club non è stato più retrocesso da allora, a parte nel 1950/51 (che ha portato a tre stagioni in seconda divisione). Questo li rende la squadra di calcio inglese con il maggior numero di stagioni consecutive nella massima serie del calcio inglese, a parte l'Arsenal che è stato ininterrottamente nella massima serie dal 1919/20.
Il secondo periodo di successo dell'Everton arrivò dopo il 1961 quando Harry Catterick ricevette l'incarico di manager. Con Catterick in carica l'Everton vinse due campionati e quattro coppe tra il 1961 e il 1970. Questo successo non durò però, e dopo tre anni di bassi risultati in campionato Catterick lasciò il suo lavoro. Il club finì a metà classifica, o a metà classifica, per il resto degli anni '70 con una serie di manager senza successo. Nel 1981 il club nominò Howard Kendall come nuovo manager. Egli girò l'Everton e alla fine divenne il manager di maggior successo nella storia del club, vincendo due campionati e tre coppe tra il 1981 e il 1987. Quest'epoca portò anche la vittoria dell'unico trofeo europeo dell'Everton, la Coppa delle Coppe nel 1985. La semifinale vide l'Everton battere i campioni tedeschi del Bayern Monaco per 3-1, una partita votata come la più grande di tutti i tempi a Goodison Park. La finale vide un'altra vittoria per 3-1 per l'Everton contro il Rapid Vienna, incoronando i campioni della Coppa delle Coppe; il loro primo e unico titolo europeo fino ad oggi.
Nel 1985 diversi tifosi del Liverpool e 39 della Juventus morirono quando la folla iniziò a combattere in uno stadio di Heysel, in Belgio. La UEFA decise che la colpa era principalmente dei tifosi del Liverpool. A causa di questo tutti i club inglesi non furono autorizzati a giocare contro squadre europee fino al 1991. Questo negò all'Everton la possibilità di difendere il suo titolo europeo e la squadra si sciolse gradualmente, vendendo molti dei suoi migliori giocatori ad altri club europei. Il club non fece molto bene nei primi anni '90, venendo quasi retrocesso due volte e avendo molti problemi di soldi. Tuttavia divenne ancora uno dei primi membri della nuova Premier League inglese quando iniziò nel 1992. Ebbero un discreto successo sotto un manager chiamato Joe Royle, che prese il comando nel 1994. Nella sua seconda stagione in carica ha tenuto l'Everton lontano dalla retrocessione e ha vinto la FA Cup, il primo trofeo del club in sette anni. Il club ha avuto un miglioramento costante sotto Royle, finendo 6° e 7° nelle stagioni 1996 e 1997.
Dopo due stagioni però il rendimento del club è andato in discesa e Kendall è stato licenziato dopo aver evitato per un pelo la retrocessione nella stagione 1998/99. L'ex giocatore Walter Smith prese il comando per tre stagioni, ma non riuscì a dare risultati, spendendo un sacco di soldi ma non portando la squadra in buone posizioni in campionato. David Moyes è subentrato nel 2002 ed è stato uno dei manager di maggior successo del club fino ad oggi. Sotto la sua gestione il club è diventato regolarmente una squadra da top 10, finendo 4° nel 2005, il loro più alto risultato di sempre in Premier League.
Sotto la sua gestione Wayne Rooney è stato portato in prima squadra ed è stato rapidamente venduto al Manchester United per 27 milioni di sterline, una cifra record per il club. Dal 2005 l'Everton ha raggiunto regolarmente le prime 8 posizioni e ha raggiunto gli ultimi 16 della Coppa UEFA nel 2007 e la finale di FA Cup nel 2009.
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