La selezione bilanciata si riferisce ai processi selettivi attraverso i quali diversi alleli (diverse versioni di un gene) sono mantenuti nel pool genico di una popolazione a frequenze superiori a quelle della mutazione genica.

Questo di solito accade quando l'eterozigote per un gene ha una fitness relativa più alta dell'omozigote. In questo modo il polimorfismo genetico è conservato.

La prova della selezione equilibrante può essere trovata nel numero di alleli in una popolazione che sono mantenuti al di sopra delle frequenze del tasso di mutazione. Tutte le ricerche moderne hanno dimostrato che questa significativa variazione genetica è comune nelle popolazioni panmiche. È l'esperienza sul campo di Darwin, Wallace e altri, che le popolazioni naturali in natura sono straordinariamente varie. Le collezioni museali di singole specie raccontano la stessa storia.

Ci sono diversi modi in cui la selezione di bilanciamento lavora per mantenere il polimorfismo. I due principali e più studiati sono il vantaggio eterozigote e la selezione dipendente dalla frequenza.