Nel 1961, Honecker fu incaricato della costruzione del muro di Berlino. Nel 1971, iniziò una lotta politica per il potere. I sovietici lo appoggiarono, così Honecker divenne il nuovo leader, o segretario generale, del Partito di Unità Socialista, sostituendo Walter Ulbricht. Nel 1976, divenne anche presidente del Consiglio di Stato (Staatsratsvorsitzender).
Sotto Honecker ci fu un grande miglioramento degli standard di vita, anche se la DDR aveva il più alto standard di vita nei paesi del blocco orientale. Furono resi disponibili più beni di consumo e fu accelerata la costruzione di nuove case.
Anche se Honecker era più premuroso nei confronti della gente per quanto riguarda i beni e gli alloggi, non permetteva di criticare il governo. Il modo più ovvio in cui questo fu mostrato fu il muro di Berlino. Circa 125 cittadini della Germania Est furono uccisi durante questo periodo mentre cercavano di attraversare il confine con Berlino Ovest.
Nelle relazioni estere, Honecker non avrebbe mai permesso una Germania unificata. Era molto fedele all'URSS, ma accettò la distensione (cioè diventare più amichevole con i paesi occidentali). Sotto il suo governo la Germania Est divenne persino più amichevole con la Germania Ovest. Nel settembre 1987, divenne il primo capo di stato della Germania Est a visitare la Germania Ovest.
Alla fine degli anni '80 il leader sovietico Mikhail Gorbaciov introdusse la glasnost e la perestroika, riforme per liberalizzare il comunismo. Honecker e il governo della Germania Est, tuttavia, rifiutarono di attuare riforme simili nella DDR. Mentre il movimento di riforma si diffondeva nell'Europa centrale e orientale, ci furono manifestazioni contro il governo della Germania dell'Est. Le più grandi furono le manifestazioni del lunedì 1989 nella città di Lipsia. Gli altri leader della DDR decisero di liberarsi di Honecker, e lo costrinsero a dimettersi il 18 ottobre 1989. Egon Krenz prese il suo posto.
