La città prende il nome dal fiume (in russo antico: гра́д Моско́в, che significa "la città accanto al fiume Moskva"). L'inizio del nome non è noto, ma alcune persone hanno qualche idea. Una è che il nome potrebbe derivare da una lingua finnica molto antica, in cui significa "scuro" e "nuvoloso". Il primo riferimento russo a Mosca risale al 1147, quando Yuri Dolgoruki invitò il principe di Novgorod-Severski (Novgorod settentrionale) a "venire da me, fratello, a Mosca".
Nove anni dopo, nel 1156, il principe Yuri Dolgoruki ordinò la costruzione di un muro di legno, che dovette essere rifatto più volte, per girare la città in crescita. Dopo l'attacco del 1237-1238, quando i mongoli incendiarono la città e uccisero i suoi abitanti, Mosca tornò a crescere e divenne la capitale del principato di Vladimir-Suzdal (una quantità di terra governata da un principe) nel 1327. Il suo buon posto all'inizio del fiume Volga aiutò la città a crescere lentamente, sempre più grande. Mosca si trasformò in un principato pacifico e ricco, conosciuto come il Granducato di Mosca, per molti anni e un gran numero di persone provenienti da tutta la Russia si trasferirono a vivere lì.
Sotto Ivan I la città sostituì Tver come centro politico di Vladimir-Suzdal e divenne l'unico esattore delle tasse per i governanti mongolo-tatari. Pagando tasse elevate, Ivan concluse un importante accordo con il Khan. A differenza di altri principati, Mosca non fu divisa tra i suoi figli, ma passò interamente ai più grandi. Tuttavia, Mosca non amava il dominio mongolo. Nel 1380, il principe Dmitry Donskoy di Mosca guidò un esercito russo ad una importante vittoria sui Tartari nella battaglia di Kulikovo. Solo due anni dopo Mosca fu invasa dal Khan Tokhtamysh. Nel 1480, Ivan III liberò finalmente i russi dal controllo dei tartari, permettendo a Mosca di diventare il centro del potere in Russia. Sotto Ivan III la città divenne la capitale di un impero che alla fine avrebbe incluso tutta la Russia e gli altri paesi.
Nel 1571 i tatari della Crimea fecero irruzione a Mosca, bruciando tutto tranne il Cremlino.
Nel 1609 l'esercito svedese, guidato dal conte Jacob De la Gardie e Evert Horn, marciò da Veliky Novgorod verso Mosca per aiutare lo zar Vasili Shuiski. Entrarono a Mosca nel 1610 e fermarono la rivoluzione contro lo zar, ma se ne andarono all'inizio del 1611. Dopo di che i polacchi invasero. Durante la guerra polacco-muscoviana (1605-1618) hetman (comandante dell'esercito) Stanisław Żółkiewski entrò a Mosca dopo aver sconfitto i russi nella battaglia di Klushino. Nel XVII secolo ci furono molte rivoluzioni, come la Rivolta del Sale (1648), la Rivolta del Rame (1662) e la Rivolta di Mosca del 1682.
La peste del 1654-1656 uccise metà della popolazione di Mosca. La città smise di essere la capitale della Russia nel 1712, dopo la costruzione di San Pietroburgo da parte di Pietro il Grande vicino alla costa baltica nel 1703. La peste del 1771 fu l'ultima grande peste della Russia centrale, uccidendo 100.000 persone nella sola Mosca. Durante l'invasione francese della Russia nel 1812, i moscoviti bruciarono la città e scapparono, mentre l'esercito di Napoleone si avvicinava alla città il 14 settembre. L'esercito di Napoleone, molto affamato e infreddolito, dovette andarsene e fu quasi distrutto dal gelido inverno russo e da alcuni attacchi dell'esercito.
Nel gennaio 1905, Alexander Adrianov divenne il primo sindaco di Mosca. Dopo la rivoluzione russa del 1917, il 12 marzo 1918 Mosca divenne la capitale dell'Unione Sovietica. Durante la Seconda Guerra Mondiale (conosciuta in Russia come la Grande Guerra Patriottica), dopo l'invasione tedesca dell'URSS, il Gruppo di Difesa dello Stato Sovietico e i comandanti dell'Armata Rossa furono collocati a Mosca.
Nel 1941, tra i moscoviti furono creati 16 gruppi di volontari nazionali (più di 160.000 persone), venticinque battaglioni (18.500 persone) e quattro reggimenti di ingegneri. Quel novembre, l'esercito tedesco fu fermato ai margini della città e poi cacciato nella battaglia di Mosca. Molte fabbriche furono allontanate, e anche gran parte del governo, e dal 20 ottobre la città fu dichiarata sotto assedio. I suoi abitanti, che rimasero in piedi, usarono le difese anticarro, mentre la città fu bombardata dall'aria. Joseph Stalin (il leader della Russia) non lasciò la città, così anche lo stato maggiore rimase in città. Anche con l'assedio in corso, la costruzione della metropolitana di Mosca continuò per tutta la guerra, e alla fine della guerra furono aperte alcune nuove linee della metropolitana.
Il 1° maggio 1944 fu consegnata a Mosca una medaglia Per la difesa di Mosca e nel 1947 un'altra medaglia In memoria dell'800° anno di Mosca. In commemorazione del ventesimo anniversario della vittoria sulla Germania nazista, l'8 maggio 1965, Mosca divenne una delle dodici città sovietiche insignite del titolo di Città Eroica.
Nel 1980, Mosca ha ospitato i Giochi Olimpici estivi, che gli Stati Uniti e diversi altri paesi occidentali non hanno visitato a causa della guerra dell'Unione Sovietica in Afghanistan alla fine del 1979. Nel 1991, Mosca è stata teatro del fallito tentativo di rovesciamento da parte dei membri del governo che si opponevano alle regole di Mikhail Gorbaciov. Quando l'URSS finì nello stesso anno, Mosca continuò ad essere la capitale della Russia.
Da allora, l'inizio dell'economia di mercato a Mosca ha fatto un'esplosione di negozi, servizi, architettura e stili di vita in stile occidentale. Nel 1998 ha ospitato i primi World Youth Games.
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