Bonao si trova nella Valle di Bonao, nel centro della Repubblica Dominicana. Ha una superficie totale di 142,8 km2 (55,1 miglia quadrate). Ha cinque distretti municipali (un distretto municipale è una suddivisione di un comune); questi sono Arroyo Toro-Masipedro, Jayaco, Juma Bejucal, La Salvia-Los Quemados e Sabana del Puerto.
L'altitudine della città di Bonao è di 83 m (272 piedi) sul livello del mare.
Il comune di Bonao ha la provincia di La Vega a nord e a ovest, la provincia di Sánchez Ramírez a est, il comune di Maimón a sud-est, il comune di Piedra Blanc a sud e la provincia di San José de Ocoa a sud-ovest.
La città è vicina al fiume Yuna, uno dei fiumi più importanti dell'isola di Hispaniola; le sorgenti del fiume sono sul lato orientale della Cordillera Central ("catenamontuosa centrale"). Scorre attraverso la valle di Bonao e poi attraverso la valle di Cibao e nella baia di Samaná.
Ci sono altri fiumi più piccoli vicino a Bonao, affluenti del fiume Yuna.
Clima
Bonao ha un clima tropicale umido (classificazione Köppen-Geiger: Af) senza stagione secca o fredda, essendo costantemente umido (piogge durante tutto l'anno).
La quantità media di precipitazioni per l'anno nella città è di 2.216,2 mm (87,3 in). Il mese con più precipitazioni in media è maggio con 333,3 mm (13,1 in) di pioggia, seguito da ottobre con 251,8 mm (9,9 in).
La stagione più secca è l'inverno. Il mese con meno precipitazioni in media è gennaio con una media di 107,2 mm (4,2 in) seguito da febbraio con una media di 108,3 mm (4,3 in).
| Dati climatici per Bonao (1961-1990) |
| Mese | Jan | Feb | Mar | Apr | Maggio | Jun | Jul | Agosto | Sep | Ott | Nov | Dic | Anno |
| Alta media °C (°F) | 29.5 (85.1) | 29.9 (85.8) | 30.8 (87.4) | 31.3 (88.3) | 31.7 (89.1) | 32.9 (91.2) | 33.0 (91.4) | 33.0 (91.4) | 33.1 (91.6) | 32.6 (90.7) | 31.2 (88.2) | 29.5 (85.1) | 31.5 (88.8) |
| Bassa media °C (°F) | 18.1 (64.6) | 18.1 (64.6) | 18.7 (65.7) | 19.5 (67.1) | 20.1 (68.2) | 20.9 (69.6) | 21.1 (70.0) | 21.0 (69.8) | 20.6 (69.1) | 20.3 (68.5) | 19.6 (67.3) | 18.7 (65.7) | 19.7 (67.5) |
| Pioggia media mm (pollici) | 107.2 (4.22) | 108.3 (4.26) | 117.7 (4.63) | 204.1 (8.04) | 333.3 (13.12) | 138.8 (5.46) | 176.3 (6.94) | 203.9 (8.03) | 180.2 (7.09) | 251.8 (9.91) | 248.2 (9.77) | 146.4 (5.76) | 2,216.2 (87.23) |
| Fonte: NOAA |