"Owen: il più illustre zoologo e paleontologo dei vertebrati... ma un uomo più ingannevole e odioso". Richard Broke Freeman (Charles Darwin: a Companion. Dawson 1978)
Owen accreditò se stesso e Georges Cuvier con la scoperta dell'Iguanodon, escludendo completamente qualsiasi credito per lo scopritore originale del dinosauro, Gideon Mantell. Questa non era la prima o l'ultima volta che Owen avrebbe deliberatamente rivendicato una scoperta come sua, quando in realtà non lo era. Owen fu infine licenziato dal Consiglio Zoologico della Royal Society per plagio.
Owen fu molto critico verso On the Origin of Species di Darwin, in parte perché Darwin non fece molto riferimento alle precedenti teorie scientifiche dell'evoluzione. Invece, Darwin confrontò la teoria dell'evoluzione per selezione naturale con la teoria non scientifica della Bibbia.
Owen, secondo Darwin, era "dispettoso, estremamente maligno, intelligente; i londinesi dicono che è pazzo d'invidia perché il mio libro è così chiacchierato". "È doloroso essere odiato nel grado intenso con cui Owen mi odia".
Owen ha anche partecipato alla minaccia di porre fine al finanziamento governativo del Royal Botanic Gardens, collezione botanica di Kew (vedi Joseph Dalton Hooker):
"Alla radice c'era la sensazione di Owen che Kew dovesse essere subordinato al British Museum (e a Owen) e non gli si dovesse permettere di svilupparsi come un'istituzione scientifica indipendente con il vantaggio di un grande giardino botanico".
Nella prima parte della sua carriera Owen fu considerato a ragione come una delle grandi figure scientifiche dell'epoca. Nella seconda parte della sua carriera la sua reputazione scivolò. Questo non era dovuto solo ai suoi accordi subdoli con i colleghi; era anche dovuto ai gravi errori di giudizio scientifico che furono scoperti e resi pubblici. Un bell'esempio fu la sua decisione di classificare l'uomo in una sottoclasse separata dei Mammiferi (vedi Thomas Henry Huxley). In questo Owen non ebbe alcun sostenitore. Inoltre, la sua riluttanza a uscire dalla recinzione riguardo all'evoluzione divenne sempre più dannosa per la sua reputazione con il passare del tempo.
Owen ha continuato a lavorare dopo il suo ritiro ufficiale all'età di 79 anni, ma non ha mai recuperato le buone opinioni che aveva avuto in gioventù.