Le venature blu del Blue Stilton sono create perforando la crosta del formaggio con aghi di acciaio inossidabile. Questo permette all'aria di entrare nel nucleo. Il formaggio viene poi fatto maturare da nove a dodici settimane.
Per poter utilizzare il nome "Stilton", il formaggio deve essere prodotto in una delle tre contee del Derbyshire, Leicestershire e Nottinghamshire, e deve utilizzare latte locale pastorizzato. I produttori di formaggio Stilton di queste contee hanno chiesto e ottenuto la protezione della legge europea (DOP = denominazione d'origine protetta) nel 1996.
Stichelton è fatto nello stesso modo del formaggio Stilton e usa latte di mucca del Nottinghamshire, ma il latte non è pastorizzato e quindi secondo la DOP non può essere designato come vero Stilton.
A partire da settembre 2016[aggiornamento] solo sei caseifici sono autorizzati a produrre Stilton (tre nel Leicestershire, due nel Nottinghamshire e uno nel Derbyshire). Ogni caseificio è controllato da un'agenzia di ispezione indipendente accreditata secondo lo standard europeo EN 45011. Quattro dei caseifici autorizzati si trovano nella Vale of Belvoir, a cavallo del confine tra Nottinghamshire e Leicestershire. Questa zona è considerata il cuore della produzione dello Stilton. I caseifici si trovano nella città di Melton Mowbray e nei villaggi di Colston Bassett, Cropwell Bishop, Long Clawson e Saxelbye.
Un altro caseificio del Leicestershire si trovava nei terreni di Quenby Hall vicino al villaggio di Hungarton. C'era stato un caseificio lì nel 18° secolo. Quenby Hall ha riavviato la produzione di Stilton in un nuovo caseificio nell'agosto 2005, ma l'attività ha chiuso nel 2011.
L'ex latteria autorizzata di proprietà di Dairy Crest che produceva Stilton a Hartington nel Derbyshire è stata acquisita dalla latteria Long Clawson nel 2008 e chiusa nel 2009, con la produzione trasferita nel Leicestershire. Due ex dipendenti hanno fondato la Hartington Creamery a Pikehall nella parrocchia di Hartington, che ha ottenuto la licenza nel 2014.
Il formaggio Stilton non può essere prodotto nel villaggio che gli ha dato il nome. Il villaggio di Stilton non si trova nelle tre contee consentite, ma nella contea storica di Huntingdonshire nel Cambridgeshire. La Original Cheese Company ha chiesto al Defra di modificare la DOP Stilton per includere il villaggio, ma la richiesta è stata respinta nel 2013.
Anche il formaggio Stilton veniva prodotto nello Staffordshire. La famiglia Nuttall di Beeby, Leicestershire, aprì una fabbrica di formaggio Stilton a Uttoxeter nel 1892 per sfruttare il latte locale e i buoni collegamenti di trasporto.