Il 30 giugno i Sette Immortali chiesero segretamente a Guglielmo, che era nei Paesi Bassi con Maria, di venire in Inghilterra con un esercito. Guglielmo, che era geloso della posizione e del potere di Maria, all'inizio non voleva andare. Ma Maria disse a William che non le interessava il potere politico. Disse che "non sarebbe stata altro che sua moglie, e che avrebbe fatto tutto ciò che era in suo potere per renderlo re a vita".
Guglielmo accettò di attaccare. Dichiarò che il figlio neonato di Giacomo era il "preteso principe di Galles". Diede anche una lista di ciò che il popolo inglese voleva, e disse che voleva solo avere "un parlamento libero e legittimo riunito". L'esercito olandese, che era stato respinto da una tempesta in ottobre, sbarcò il 5 novembre. L'esercito e la marina inglese passarono a Guglielmo. In questo periodo, la fiducia del popolo inglese in Giacomo era molto bassa. Non cercarono nemmeno di salvare il loro re. L'11 dicembre il re tentò di fuggire, ma non ci riuscì. Cercò di scappare di nuovo il 23 dicembre. Questo secondo tentativo ebbe successo e Giacomo fuggì in Francia. Visse lì in esilio fino alla sua morte.
Anche se Maria era triste a causa della deposizione di suo padre, William le ordinò di sembrare felice quando arrivarono a Londra. A causa di questo, la gente pensava che lei fosse fredda con suo padre. James pensò anche che sua figlia gli fosse infedele. Questo ferì profondamente Mary.
Nel 1689, un parlamento di convenzione chiamato dal principe d'Orange si riunì per discutere su cosa avrebbero dovuto fare. Guglielmo d'Orange si sentiva a disagio per la sua posizione. Voleva governare come re, non semplicemente come marito di una regina. L'unico esempio di monarchia congiunta era del XVI secolo. Si trattava della regina Maria I e del principe spagnolo Filippo. Quando si sposarono, fu concordato che il principe Filippo avrebbe preso il titolo di re. Ma Filippo II fu re solo durante la vita di sua moglie. Inoltre non aveva molto potere. Guglielmo voleva rimanere re anche dopo la morte della moglie. Alcune persone importanti suggerirono di fare di Maria l'unica sovrana. Ma Maria, che era fedele a suo marito, rifiutò.