Monoposto
Nel 1986, la Formula 3000 fu introdotta in Giappone. Mugen si unì a Honda per costruire un motore di F3000. Fu introdotto nella stagione 1987 e affittato a 14 squadre. Nel 1988, Mugen vince quattro dei primi cinque posti nel campionato giapponese di F3000. Nel 1989, Mugen entra nel F3000 europeo con il motore MF308. Hanno vinto il campionato con Jean Alesi alla guida di una Reynard. Lo stesso anno l'azienda produsse il proprio prototipo di motore 3.5 L V8 Formula Uno, nome in codice MF350.
Nel 1988, Mugen ha iniziato a sintonizzare i motori Honda per l'uso in Formula Tre. Hanno vinto la serie giapponese con Akihiko Nakaya, e nel 1990 espanso in Europa. Mugen ha vinto il suo primo campionato di Formula Tre in Europa. Hanno preso il titolo francese con Eric Hélary e la corona britannica con Mika Häkkinen. Hanno anche vinto il titolo nel 1991 con Rubens Barrichello.
Formula Uno
Nel 1991, Mugen costruì motori Honda V10 per Tyrrell. Nel 1992 il motore fu rinominato in Mugen MF351H. Il motore è stato utilizzato dal team Footwork nel 1992 e 1993.
Nel 1994, Mugen passò al Team Lotus con la nuova Lotus 109. La squadra era sottofinanziata e il telaio 109 era in ritardo. L'auto e il suo motore ottennero un solo punto. Alla fine dell'anno, la Lotus chiuse.
Mugen passò al team Ligier nel 1995. Nel 1996 Mugen vinse la sua prima gara di Formula Uno. Il motore 3.0 L, nome in codice MF301H, vinse al Gran Premio di Monaco 1996 con Olivier Panis alla guida.
La Ligier fu rilevata da Alain Prost nel 1997 e ribattezzata Prost Grand Prix. Quando Prost cambiò i motori Peugeot nel 1998, Mugen raggiunse un accordo biennale con Jordan Grand Prix. La stagione 1998 vide un 1-2 a Spa-Francorchamps con Damon Hill e Ralf Schumacher.
Nel 1999, Heinz-Harald Frentzen vinse due volte e Jorden finì il campionato costruttori al terzo posto. Nel 2000, la Honda Motor Company ha annunciato che sarebbe tornato per la Formula Uno. Honda avrebbe fornito i propri motori nel 2000 con British American Racing. Alla fine della stagione 2000, Mugen si ritirò dalla F1.
Corse di auto sportive
Nel 1998, Mugen entrò nelle corse di auto sportive. Hanno costruito diverse auto da corsa NSX. Nel 2000, il team Mugen/Dome fu campione.
Nel 2001, nel JGTC, la Mugen NSX ha vinto due gare. In giugno, l'azienda ha annunciato un nuovo V8 da 4.0 L. La MF408S è stata costruita per la classe prototipo principale nella 24 Ore di Le Mans e nell'American Le Mans Series.
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