Il livello del mare era molto più basso fino a 8000 anni fa. Lo stretto di Torres non sarebbe stato coperto dall'acqua, il che significa che le persone e gli animali potevano camminare tra la Nuova Guinea e l'Australia. Alcuni animali e uccelli possono essere trovati sia in Nuova Guinea che nel Queensland, come il casuario. Altri animali, come i maiali, arrivarono in Nuova Guinea dopo che il livello del mare si alzò e chiuse il ponte di terra e non furono in grado di arrivare in Australia.
Ci sono prove che la gente ha vissuto sulle isole dello Stretto di Torres per almeno 2.500 anni. È probabile che la gente vivesse lì molto prima, ma l'aumento del livello del mare ha coperto i siti precedenti.
Scoperta europea
Il primo europeo conosciuto a navigare attraverso lo stretto fu Luis Váez de Torres, un marinaio spagnolo o portoghese. Era il comandante in seconda della spedizione spagnola guidata dal portoghese Pedro Fernandez de Quirós che navigò dal Perù al Pacifico del Sud nel 1605. Dopo che la nave di Quiros tornò in Messico, Torres continuò ad andare alle Molucche e poi a Manila. Navigò lungo la costa sud della Nuova Guinea. Potrebbe aver visto Capo York sulla terraferma australiana, ma non ci sono prove che lo dimostrino. Torres scrisse una lettera al re spagnolo sulle sue scoperte, ma questa fu tenuta segreta fino al 1762.
Nel 1769 il geografo scozzese Alexander Dalrymple, stava traducendo lettere spagnole trovate nelle Filippine nel 1762. Lesse la lettera di Luis Váez de Torres su un passaggio a sud della Nuova Guinea. Dalrymple scrisse un libro, la Raccolta storica dei diversi viaggi e scoperte nell'Oceano Pacifico meridionale nel 1770-1771. Questo libro causò molto interesse nell'idea di un continente sconosciuto. Dalrymple diede il nome di Torres allo stretto. Questo portò il capitano James Cook a fare un altro viaggio nel Sud Pacifico. Dalrymple era arrabbiato perché fu il capitano Cook e non lui ad essere messo a capo della spedizione che portò nel 1770 alla scoperta della costa orientale dell'Australia. Nel 1770 Cook navigò attraverso lo stretto dopo aver risalito la costa orientale dell'Australia. Sbarcò sull'isola di Possession e rivendicò tutta la terra d'Australia per la Gran Bretagna.
Con persone come James Cook, William Bligh e Matthew Flinders che esploravano e facevano mappe dello stretto, molte altre navi cominciarono ad attraversarlo nel loro viaggio da Sydney all'India o all'Asia. Era ancora difficile per le navi, e molte naufragavano sugli scogli. Una donna scozzese, Barbara Thompson, fu l'unica persona salvata quando la nave "America" colpì una scogliera nel 1842. Fu salvata dagli isolani e visse con loro sull'Isola Principe di Galles per cinque anni fino a quando un'altra nave venne a riportarla a Sydney.
Commercio
C'è stata un'importante attività di pesca delle perle nello stretto dal 1860 fino al 1970 circa. La pesca delle perle ha portato molti esperti subacquei da molti paesi, specialmente dal Giappone.
Missionari
La London Missionary Society arrivò su Erub (Darnley Island) nel 1871. Gli isolani celebrano ancora la venuta dei missionari come "La venuta della luce", ed è festa ogni anno sulle isole.
Governo
Anche se alcune delle isole dello Stretto di Torres sono appena al largo della costa della NuovaGuinea, sono state prese in consegna nel 1879 dal Queensland, allora una colonia britannica. Nel 1978 un accordo tra Australia e Papua Nuova Guinea ha stabilito la posizione corretta del confine marittimo nello Stretto di Torres. Anche lo Stretto di Torres ha la sua bandiera. È stata disegnata da Bernard Namok di Thursday Island. Ha uno sfondo di cinque strisce, verde per la terra, blu per il mare e nero per la gente. Ha un grande Dari bianco, o copricapo, e una stella a cinque punte per i cinque gruppi di isole principali. Nel 1995 è stata resa ufficialmente una bandiera dell'Australia.
Seconda Guerra Mondiale
Durante la seconda guerra mondiale, Horn Island nello stretto di Torres, 150 km (93 miglia) a nord di Cape York, divenne la base aerea più a nord dell'Australia. Nel 1940 furono costruite due grandi piste. Fu usata da migliaia di aerei alleati. Con otto raid aerei giapponesi nel 1942, fu il luogo più attaccato del Queensland. Le condizioni sull'isola erano difficili per i soldati, con poco cibo, poca acqua, malattie e attacchi dei giapponesi. L'aeroporto funziona ancora come il principale aeroporto per l'estremo nord del Queensland. Ora è una località turistica, nota soprattutto per la pesca.