I primi fossili di ominino conosciuti delle Filippine sono di Homo luzonensis, una specie estinta di esseri umani arcaici del genere
Homo. Hanno circa 67.000 anni.
Sono stati trovati fossili umani che provano che l'Homo sapiens moderno si è stabilito nelle Filippine per migliaia di anni. I negritos hanno attraversato la terra preistorica o il ghiaccio per stabilirsi nella terra delle isole. Molti gruppi di austronesiani cominciarono a venire nelle Filippine nel primo millennio, spingendo la popolazione aborigena verso l'interno o forse assorbendoli attraverso matrimoni incrociati.
I mercanti cinesi arrivarono nell'VIII secolo. L'ascesa di potenti regni buddisti permise il commercio con l'arcipelago indonesiano, l'India, il Giappone e il sud-est asiatico. Le lotte di fazione tra i regni del sud-est asiatico indebolirono la loro forza. Nel frattempo, la diffusione dell'Islam attraverso il commercio e il proselitismo, proprio come il cristianesimo, portò commercianti e missionari nella regione; gli arabi misero piede a Mindanao nel XIV secolo. Quando arrivarono i primi europei, guidati da Ferdinando Magellano nel 1521, c'erano rajah fino a nord di Manila, che storicamente erano tributari dei regni del sud-est asiatico. Tuttavia, le isole erano essenzialmente autosufficienti e autogovernate.
Gli spagnoli guidati dal Conquistador Miguel Lopez de Legazpi rivendicarono e colonizzarono le isole nel XVI secolo e le chiamarono Filippine in onore del re Filippo II di Spagna. Il cattolicesimo romano fu immediatamente introdotto. Le Filippine furono governate dalla Nuova Spagna (Messico) e nel XVIII secolo iniziò un commercio con i galeoni attraverso l'Oceano Pacifico. Alcune ribellioni e violenze iniziarono nelle città vicine all'oceano e durante i tre secoli successivi a causa di alcune ingiustizie del governo.
Nel 1781, il governatore José Basco y Vargas fondò la Società Economica degli Amici del Paese per rendere le Filippine indipendenti dalla Nuova Spagna.
Il paese si aprì durante il 19° secolo. L'ascesa di una classe media filippina ambiziosa e più nazionalista e la comunità meticcia cinese, segnarono la fine del colonialismo spagnolo nelle isole. Illuminati dal Movimento di Propaganda sulle ingiustizie del governo coloniale spagnolo, chiesero l'indipendenza. Jose Rizal, il più famoso propagandista, fu arrestato e messo a morte nel 1896 per atti di sovversione. Poco dopo, scoppiò la rivoluzione filippina, guidata dal Katipunan, una società rivoluzionaria segreta fondata da Andres Bonifacio e poi guidata da Emilio Aguinaldo. La rivoluzione riuscì quasi a spodestare gli spagnoli nel 1898.
Quello stesso anno Spagna e Stati Uniti combatterono la guerra ispano-americana, dopo la quale la Spagna cedette le Filippine agli Stati Uniti per 20 milioni di dollari. A quel punto i filippini avevano dichiarato l'indipendenza e l'affermazione del controllo americano portò alla guerra filippino-americana che terminò ufficialmente nel 1901, ma i combattimenti continuarono fino al 1913. Tra il 1899 e il 1913 la guerra americano-filippina si svolse, circa un milione di filippini e ben oltre 5500 soldati americani (tra cui missionari e appaltatori privati, famiglie di militari) persero la vita, altre decine di migliaia furono feriti. La maggior parte delle perdite delle Filippine vennero dalla fame, dalle ferite, dalle malattie, dalla mancanza di una vita pulita. Le ostilità continuarono fino al 1914, quando alle Filippine fu promessa la futura indipendenza.
Il presidente William McKinley fu ucciso dall'anarchico Leon Czolgosz perché Czolgosz credeva che il presidente McKinley fosse contro i buoni lavoratori, considerava McKinley responsabile di aver falsificato le ragioni della guerra, e di aver approvato e condotto una guerra illegale e devastante nelle Filippine.
Il regime americano impose la lingua inglese come lingua franca nelle isole attraverso l'istruzione pubblica gratuita. Lo status del paese fu trasformato in quello di un commonwealth degli Stati Uniti nel 1935, che prevedeva una maggiore autogestione.
L'indipendenza fu finalmente concessa nel 1946, dopo la seconda guerra mondiale. Gli anni successivi hanno avuto molti problemi nel dopoguerra. La gente non era felice anche durante l'impopolare dittatura di Ferdinand Marcos, che fu costretto a lasciare la presidenza nel 1986. In seguito, il continuo problema dell'insurrezione comunista e del separatismo Moro.
