Charles Darwin (1809-1882) fu il primo a produrre un albero della vita evolutivo. Era molto cauto sulla possibilità di ricostruire la storia della vita. Nel capitolo IV di On the Origin of Species (1859) ha presentato un diagramma astratto di un albero della vita teorico per le specie di un grande genere senza nome (vedi figura).
Nelle parole di Darwin: "Così, le piccole differenze che distinguono le varietà di una stessa specie, tenderanno costantemente ad aumentare fino ad arrivare ad eguagliare le maggiori differenze tra le specie dello stesso genere, o anche di generi distinti".
Questo è un modello di ramificazione senza nomi dati alle specie, a differenza dell'albero più lineare che Ernst Haeckel fece anni dopo.
Nel suo riassunto alla sezione riveduta nella sesta edizione del 1872, Darwin spiega il suo punto di vista sull'albero della vita:
Le affinità di tutti gli esseri della stessa classe sono state talvolta rappresentate da un grande albero. Credo che questa similitudine dica ampiamente la verità. I ramoscelli verdi e germoglianti possono rappresentare le specie esistenti; e quelli prodotti negli anni passati possono rappresentare la lunga successione delle specie estinte... Le
membra divise in grandi rami, e questi in rami
minori e più piccoli, erano essi stessi una volta, quando l'albero era giovane, ramoscelli germoglianti; e questo collegamento delle gemme precedenti e presenti mediante rami ramificati può ben rappresentare la classificazione di tutte le specie estinte e viventi in gruppi subordinati a gruppi.
Dei molti ramoscelli che fiorirono quando l'albero era un semplice cespuglio, solo due o tre, ora cresciuti in grandi rami, sopravvivono ancora e portano gli altri rami; così con le specie che vissero durante lunghi periodi geologici passati, ben pochi hanno lasciato discendenti vivi e modificati. Dalla prima crescita dell'albero, molti arti e rami sono decaduti e caduti; e questi rami caduti di varie dimensioni possono rappresentare interi ordini, famiglie e generi che ora non hanno rappresentanti viventi e che ci sono noti solo allo stato fossile.
Come vediamo qua e là un ramo sottile e sbandato che nasce da una biforcazione in basso in un albero, e che per qualche caso è stato favorito ed è ancora vivo sulla sua cima, così vediamo occasionalmente un animale come l'Ornithorhynchus (ornitorinco) o il Lepidosiren (pesce polmone sudamericano), che in qualche piccolo grado collega per le sue affinità due grandi rami della vita, e che apparentemente è stato salvato dalla concorrenza mortale per aver abitato una stazione protetta.
Come le gemme danno origine, crescendo, a gemme fresche, e queste, se vigorose, si ramificano e sovrastano da tutte le parti molti rami più deboli, così per generazione credo sia stato per il grande Albero della Vita, che riempie con i suoi rami morti e spezzati la crosta della terra, e copre la superficie con le sue ramificazioni sempre più ramificate e belle.
