A partire dal 1791, il governo federale fu sostenuto dalle tasse sulle bevande distillate, sul tabacco, sullo zucchero, sulle obbligazioni societarie e sugli schiavi. Si trattava di imposte indirette, l'unico tipo consentito dalla Costituzione degli Stati Uniti. Nel 1812, il costo della guerra aggiunse le prime imposte sulle vendite di oro, gioielli e argenteria. Nel 1817 il governo abolì tutte queste tasse e si affidò ai fondi delle tariffe sulle merci importate.
Durante la guerra civile americana furono necessari fondi per finanziare la guerra. Nel 1861 il Congresso elaborò un disegno di legge per un'imposta diretta sul reddito delle persone fisiche e delle imprese. Questa prima imposta sul reddito addebitava il 3% sui redditi superiori a 800 dollari. Il disegno di legge passò ad entrambe le Camere del Congresso ma non entrò mai in vigore. Nel 1862, tuttavia, Abraham Lincoln firmò un disegno di legge che chiedeva una tassa del 3% sui redditi tra i 600 e i 5.000 dollari, del 7,5% sui redditi tra i 5.000 e i 10.000 dollari e del 10% sui redditi superiori ai 10.000 dollari. Ci sono stati dibattiti al Congresso sulla costituzionalità dell'imposta diretta sul reddito, ma non è stata intrapresa alcuna azione. Fu lasciata scadere nel 1872, quando si decise di rinnovarla.
Nel 1862 il Congresso aveva autorizzato la carica di Commissario delle Entrate. Come oggi, aveva il potere di valutare, riscuotere e riscuotere le tasse. Aveva anche il diritto di far rispettare le leggi fiscali perseguendo e confiscando beni e redditi. George S. Boutwell è stato il primo commissario dell'Ufficio delle Entrate. / Nel 1894 il Congresso approvò la tariffa Wilson-Gorman. Essa riduceva le tariffe su alcune importazioni negli Stati Uniti. Tuttavia, compensò questa riduzione applicando un'imposta diretta sul reddito del 2%. La Corte Suprema, nella causa Pollock contro la Farmers' Loan & Trust Co, ha dichiarato l'imposta sul reddito incostituzionale un anno dopo. La Corte ha stabilito che la Costituzione non permetteva un'imposta sul reddito senza ripartizione tra gli Stati.
Il 3 febbraio 1913 fu ratificato il sedicesimo emendamento alla Costituzione degli Stati Uniti. Libero dalla questione della ripartizione critica, permise al Congresso di imporre un'imposta sul reddito. L'Ufficio dell'IRS fu incaricato di riscuotere le imposte sul reddito. L'imposta sul reddito delle persone fisiche era dell'1% sul reddito superiore a 3.000 dollari. I redditi superiori ai 5.000 dollari erano soggetti a un'ulteriore imposta del 6%. Le imposte sul reddito raggiunsero il 77% nel 1918 per aiutare a finanziare la Prima Guerra Mondiale. Nel 1929 scesero ad un massimo del 24%, ma aumentarono nuovamente durante la Grande Depressione del 1929. Durante la Seconda Guerra Mondiale furono introdotte le ritenute alla fonte e le imposte trimestrali.
Nel 1953 l'Ufficio delle Entrate si riorganizza e cambia la sua denominazione in Agenzia delle Entrate.
Nel 1998, l'IRS Restructuring and Reform Act ha nuovamente riorganizzato e modernizzato l'agenzia. I diritti dei contribuenti sono stati ulteriormente ampliati.
L'attuale Commissario delle Entrate è Charles P. Rettig.
