Dopo che la Germania invase i Paesi Bassi, Seyß-Inquart divenne Reichskommissar per i Paesi Bassi occupati nel maggio 1940. Il suo compito era quello di organizzare l'amministrazione civile, creare stretti legami economici con la Germania e difendere gli interessi del Reich.
Egli sostenne il partito nazionalsocialista olandese (NSB) e gli permise di creare una Landwacht paramilitare, come forza di polizia ausiliaria. Altri partiti politici furono banditi alla fine del 1941, e molti ex funzionari di governo imprigionati a Sint-Michielsgestel. L'amministrazione del paese era in gran parte controllata dallo stesso Seyß-Inquart.
Introdusse misure per combattere il "terrore", e quando uno sciopero diffuso ebbe luogo ad Amsterdam, Arnhem e Hilversum nel maggio 1943, furono tenuti processi speciali sommari e fu imposta una multa collettiva di 18 milioni di fiorini. Seyß-Inquart autorizzò l'esecuzione di circa 800 persone prima della liberazione. Alcuni dicono che non furono solo 800, ma più di 1.500, comprese le esecuzioni secondo la cosiddetta "legge degli ostaggi" che coinvolgeva (tra gli altri) i prigionieri politici che erano vicini alla liberazione, l'incidente di Putten, e l'esecuzione per rappresaglia di 117 olandesi per l'attacco al capo delle SS e della polizia" Hanns Albin Rauter. Dal luglio 1944 in poi, la maggior parte dei poteri di Seyß-Inquart furono trasferiti al comandante militare nei Paesi Bassi e alla Gestapo, ma era ancora una figura politica importante e potente.
C'erano due piccoli campi di concentramento nei Paesi Bassi:
- KZ Herzogenbusch vicino a Vught, e
- Kamp Amersfoort vicino ad Amersfoort.
C'era anche un "campo di raccolta ebraico" a Westerbork, oltre a un certo numero di altri campi controllati dai militari, dalla polizia, dalle SS o dall'amministrazione di Seyß-Inquart. Questi includevano un campo di "reclutamento di lavoro volontario" a Ommen. Un totale di circa 530.000 civili olandesi lavorarono per i tedeschi, di cui 250.000 furono mandati nelle fabbriche in Germania.
Seyss-Inquart era un antisemita: in pochi mesi dal suo arrivo nei Paesi Bassi, licenziò gli ebrei dal governo, dalla stampa e dalle posizioni di rilievo nell'industria. Le misure antiebraiche si intensificarono dopo il 1941: circa 140.000 ebrei furono registrati, fu creato un ghetto ad Amsterdam e un campo di transito a Westerbork. Nel febbraio 1941, 600 ebrei furono mandati nei campi di concentramento di Buchenwald e Mauthausen. Più tardi, gli ebrei olandesi furono mandati ad Auschwitz. Con l'avvicinarsi delle forze alleate nel settembre 1944 gli ebrei rimasti a Westerbork furono mandati a Theresienstadt. Dei 140.000 ebrei olandesi registrati, solo 44.500 sopravvissero alla guerra.
Quando Hitler si suicidò il 30 aprile 1945, Seyß-Inquart divenne il ministro degli esteri nel nuovo governo tedesco dell'ammiraglio Karl Dönitz.
Il regime nazista aveva tentato una politica di 'terra bruciata', e aveva anche distrutto alcuni porti e darsene. Seyß-Inquart era d'accordo con il ministro degli armamenti Albert Speer che distruggere tutto per tenere materiali di valore dalle forze alleate o da un nuovo governo dopo la guerra era sbagliato. Seyß-Inquart aiutò anche nel cosiddetto "inverno della fame" del 1945 a distribuire cibo, e permise agli aerei alleati di sganciare pane bianco svedese per la gente affamata dei Paesi Bassi settentrionali occupati. Rimase Reichskommissar fino all'8 maggio 1945, quando, dopo un incontro con Karl Dönitz per confermare il suo blocco degli ordini di terra bruciata, fu catturato ad Amburgo.