Il gioco è ambientato nello stesso mondo immaginario del resto della serie Halo. Gran parte del gioco si svolge nel futuro anno 2552, tra oltre 500 anni. Nella trama gli esseri umani si sono sviluppati più velocemente dei viaggi leggeri, e ora vivono su molti pianeti e lune del sistema solare. Nel primo tentativo dell'umanità di costruire un insediamento su un pianeta attorno ad un'altra stella, l'umanità ha incontrato il Patto alieno. L'Alleanza ha dichiarato guerra religiosa all'umanità. All'inizio di Halo 2 gli umani stanno perdendo la guerra e il Patto ha appena scoperto la Terra.
L'aureola del titolo del gioco è il nome di una serie di pianeti "costruiti" da una misteriosa razza chiamata i Precursori molto tempo prima del gioco. Gli Halo sono l'ultima difesa contro un'altra razza aliena conosciuta come il Diluvio. Il Diluvio vuole usare ogni essere vivente della galassia come cibo. Gli Halo sono in realtà delle super armi gigantesche, che quando vengono attivate uccidono ogni forma di vita nella galassia. Questo è l'unico modo per fermare il Diluvio, per farli morire di fame uccidendo tutto il loro cibo. Gli Alleati non ne sono consapevoli e stanno cercando di sparare gli Aloni come parte di una falsa profezia religiosa. Nel primo gioco di Halo, Halo: Combat Evolved, gli umani e Master Chief riescono a fermare l'Alleanza dal sparare uno degli Aloni. Nel frattempo, distruggono anche uno di loro. Poco prima dell'inizio di Halo 2, l'Alleanza scopre un altro Halo che può essere ottenuto solo attraverso un portale che si trova vicino alla Terra.
Trama
Il gioco si apre con la tortura di un alieno, il leader delle Elite. Viene torturato dal patto perché non è riuscito a impedire a Master Chief di distruggere il primo Halo del gioco originale. Il comandante dell'Elite è marchiato dal leader dei Bruti, un'altra parte dell'Alleanza. Il giocatore prende quindi il controllo di Master Chief, a bordo di una navicella spaziale in orbita intorno alla Terra quando arriva la massiccia flotta del Patto. I Covenant sono venuti a prendere il portale che permetterà loro di raggiungere il nuovo Halo in modo da poter sparare. I Covenant salgono a bordo della nave su cui il giocatore è a bordo e tentano di piazzare bombe per disabilitare il portale e le altre navi della flotta umana. Il giocatore deve combattere attraverso le forze del Patto per disattivare le bombe. Una volta che questo è completo, la nave umana si dirige verso la nave ammiraglia dell'Alleanza che è appena passata. Nel frattempo, nella cutscene vediamo l'ex comandante d'elite che viene trasformato in un guerriero religioso conosciuto come l'arbitro per rimediare al suo fallimento nel fermare Master Chief nell'Halo originale.
In un altro cutscene una nave umana con a bordo Master Chief, Johnson e Cortana segue la nave dell'Alleanza attraverso il portale per il nuovo Halo. Il giocatore deve ora prendere il controllo di Chief mentre combatte per impedire al Patto di sparare sul ring. Alla fine il giocatore uccide il Profeta del rimpianto, un leader del Patto, e impedisce che l'Halo venga sparato. Sfortunatamente prima che il giocatore possa recuperare l'Indice, il controllo per sparare l'Halo, viene catturato dal leader del Diluvio, conosciuto come la Mente Grave. In una cutscene vediamo il nuovo Arbitro inviato all'Halo per recuperare l'Indice prima che il Capo possa distruggerlo. Quando arriva, però, lui e i suoi seguaci vengono traditi e i loro ex alleati cominciano ad attaccare. Qui il giocatore deve controllare l'Arbitro e i suoi seguaci nel tentativo di sfuggire al tradimento e all'imboscata. L'arbitro viene infine catturato dalla Gravemind e si incontra con Master Chief. I due si liberano della Gravemind, i cui seguaci di Flood si sono impadroniti di un'enorme nave dell'Alleanza chiamata High Charity. Arbitro e Capo, ora di nuovo controllati dal giocatore, corrono al controllo di Halo per impedire al Covenant di sparare sul ring un'ultima volta. Sono riusciti a fermare l'Alleanza, ma il Profeta della Verità, l'ultimo dei loro leader, fugge incolume su una navicella spaziale. Il compagno di AI dei capi, Cortana, rimane indietro sull'Halo, promettendo di distruggerlo se un'Alleanza dovesse mai tornare. Il capo e l'arbitro si separano dal capo che si nasconde su una nave dell'Alleanza in fuga e l'arbitro e i suoi seguaci tornano all'Alta Carità nel tentativo di salvarla dal diluvio.
