Impostazione
Il gioco è ambientato nello stesso mondo immaginario del resto della serie Halo. La maggior parte del gioco si svolge nel futuro anno 2553, tra oltre 500 anni. Nella trama gli esseri umani si sono sviluppati più velocemente dei viaggi leggeri, e ora vivono su molti pianeti e lune del sistema solare. Quando l'umanità ha iniziato a costruire un altro insediamento su un pianeta intorno ad un'altra stella ha incontrato l'Alleanza aliena. L'Alleanza ha dichiarato guerra religiosa all'umanità. Durante Halo 2 il Patto ha scoperto la Terra. All'inizio di Halo 3, il Patto sta lanciando una vera e propria invasione della Terra.
L'aureola del titolo dei giochi è il nome di una serie di super armi spaziali costruite da una misteriosa razza chiamata i Precursori molto tempo prima del gioco. Gli Halo sono l'ultima difesa contro un'altra razza aliena conosciuta come il Diluvio. Il Diluvio vuole usare ogni essere vivente della galassia come cibo. Gli Aloni sono in realtà delle super armi giganti, che una volta attivate, uccideranno tutta la vita nella galassia. Questo è l'unico modo per fermare il Diluvio, per farli morire di fame uccidendo tutto il loro cibo. L'Alleanza non lo sa e sta cercando di sparare gli aloni come parte di una profezia religiosa sbagliata. Nel primo gioco di Halo, Halo: Combat Evolved, gli umani e Master Chief riescono a fermare l'Alleanza dal sparare uno degli Aloni. Nel frattempo, distruggono anche uno di loro. La distruzione di uno degli Aloni dà inizio ad un'emergenza. Gli Aloni possono ora essere tutti sparati da un unico luogo, usando un dispositivo chiamato Arca. L'Alleanza, non comprendendo ancora la verità, lancia un'invasione della Terra, dove credono che l'Arca sia sepolta. Qui inizia la storia di Halo 3.
Personaggi
Il personaggio principale di Halo 3 è Master Chief. Master Chief è un super soldato, l'ultimo membro sopravvissuto del Progetto Spartan. Il Progetto Spartan è stato avviato dagli umani per rendere geneticamente, usando i geni, i soldati più forti, più veloci e più forti di qualsiasi altro umano normale. Un altro personaggio di Halo 1 e 2, controllato dal secondo giocatore in un gioco cooperativo, è Arbiter, il leader delle Elite aliene. In Halo 2 è un nemico, ma in Halo 3 si unisce agli umani. Altri personaggi di ritorno sono il veterano soldato umano saggia Avery Johnson, l'AI Cortana, il robot 343 Guilty Spark e la Gravemind, pericoloso leader del Diluvio.
Trama
Halo 3 inizia da dove ha lasciato Halo 2. Il giocatore gioca ancora una volta nei panni di Master Chief mentre cade verso la Terra. Si schianta in Kenya vicino alla città di Mombasa. Viene trovato da una squadra di marines guidata dal sergente Avery Johnson, il comandante di Halo e Halo 2. Il giocatore e i marines si fanno strada attraverso l'invasione della forza di Alleanza verso un avamposto umano. Qui trovano forze umane che fanno un ultimo tentativo per impedire al Patto di attivare un portale che hanno trovato sepolto nel deserto del Kenya. Ma non ci riescono, e l'Alleanza apre il portale dell'Arca, dove saranno in grado di sparare gli aloni e distruggere la galassia. Subito dopo che la flotta di veicoli spaziali dell'Alleanza lascia il portale, una grande nave si schianta contro la città di Mombasa. Questa nave è stata presa in carico dal Diluvio. Il giocatore, in qualità di Master Chief, deve farsi strada nella navicella in rovina e recuperare il robot Cortana che può indicare loro la strada per riaprire il portale e seguire l'Alleanza. Una volta che il giocatore ha successo, gli umani riaprono il portale e si dirigono dopo il Patto per impedire loro di sparare gli Aloni. Insieme a loro c'è 343 Guilty Spark, uno dei robot che ha contribuito a costruire l'aureola distrutta del primo gioco. Una volta attraverso il portale il giocatore e i suoi alleati scoprono l'enorme struttura a dimensione di pianeta conosciuta come l'Arca, da cui si possono sparare tutti gli Aloni. Guidato da 343 Guilty Spark il giocatore si dirige verso il centro dell'Arca dove il leader dell'Alleanza, il Profeta della Verità, si prepara a sparare.
Proprio come il giocatore arriva per fermare il Profeta della Verità, la nave infestata dal diluvio High Charity, arriva nel tentativo di prendere il controllo dell'Arca. Il giocatore, Arbiter e Johnson eliminano ora tutto il Diluvio nell'area prima che Arbiter uccida il Profeta della Verità e impedisca che gli Aloni vengano sparati. Non c'è tempo per il giocatore di riposare, tuttavia, poiché ora deve dirigersi verso il reattore nucleare al centro della navicella spaziale infestata dal Diluvio, High Charity, nel tentativo di uccidere il Diluvio. Una volta completato questo, il giocatore e l'arbitro devono andare ad attivare un anello di Halo. Questo distruggerà l'Arca e ucciderà tutto il Diluvio in questa zona della Galassia della Via Lattea, salvando il resto. Il giocatore e l'Arbitro vanno ad attivare il singolo Halo e salvare la Galassia. Quando arrivano 343 Guilty Spark li avverte che l'attivazione di questo Halo distruggerà l'intera Arca e l'Halo stesso. Il giocatore ignora l'avvertimento. Questo fa arrabbiare 343 Guilty Spark. Uccide il Sergente Johnson, e tenta di uccidere Master Chief per evitare che il suo Halo venga distrutto. Questa è in effetti la "battaglia finale del boss" del gioco. Il giocatore sconfigge il robot e attiva l'Halo. Inizia un conto alla rovescia, ma è troppo tardi per il giocatore nei panni di Master Chief e di AI Cortana. Riescono a salire a bordo di una navicella spaziale per portarli via ma questa viene catturata dall'esplosione e viene divisa in due. Master Chief si presume morto.
Se il giocatore completa il gioco su qualsiasi difficoltà, dopo i crediti si vede che il Master Chief e Cortana sono sopravvissuti. Se il giocatore termina la partita sulla difficoltà "Leggendario", dopo i crediti si vede un finale alternativo.
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Il primo lavoro è stato iniziato su Halo 3 prima dell'uscita di Halo 2 nel 2004. Fino al 2004/2005 Bungie si è rifiutata di confermare che stava lavorando su Halo 3, dicendo solo che aveva un 'nuovo progetto'. Il gioco è stato annunciato ufficialmente con un trailer all'E3 2006. Mentre i dettagli del multiplayer sono stati apertamente annunciati e discussi prima dell'uscita, i dettagli della storia sono stati tenuti per lo più segreti fino al giorno del lancio. Ci sono oltre 40.000 clip registrate di dialogo di Non Player Character (NPC) in Halo 3. Sono più del doppio di quelli di Halo 2. Sono state effettuate registrazioni audio separate per gli spari da vicino e da lontano per rendere più credibile l'esperienza. Come Halo 1 e 2, il gioco ha la sua colonna sonora classica appositamente registrata. La musica è stata registrata con un coro di 27 elementi e un'orchestra di 60 elementi.