Tutti i turni della fase finale sono a due gambe, tranne la finale. Nel caso in cui i punteggi aggregati siano uguali dopo i tempi regolamentari nella seconda tappa, la squadra vincitrice sarà quella che ha segnato più gol nella sua trasferta: se i punteggi nelle due partite sono stati identici, si giocano i tempi supplementari. La regola dei gol in trasferta si applica anche se i punteggi sono uguali alla fine dei tempi supplementari. Se non ci sono reti segnate nei tempi supplementari, il pareggio viene deciso ai rigori. La squadra che esce per prima dal cappello in ogni pareggio gioca la prima parte del suo pareggio in casa, e la seconda parte in trasferta.
Staffa
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Fase 32
Il sorteggio degli ottavi di finale, condotto dal segretario generale UEFA David Taylor e da Michele Centenaro, responsabile delle competizioni per club della UEFA, si è tenuto venerdì 21 dicembre 2007 alle 13:00 CET a Nyon, in Svizzera. Le otto vincitrici dei gruppi sono state sorteggiate contro le otto squadre terze classificate, mentre le otto squadre seconde sono state sorteggiate contro le otto squadre terze nei gruppi di Champions League. Le squadre dello stesso gruppo o dello stesso paese non possono essere sorteggiate insieme.
Le prime tappe sono state giocate il 13 febbraio e il 14 febbraio 2008. Le seconde tappe sono state giocate il 21 febbraio 2008.
| Squadra #1 | Agg. | Squadra #2 | 1a tappa | 2a tappa |
| Aberdeen  | 3–7 |  Bayern Monaco
| 2–2 | 1–5 |
| AEK Atene  | 1–4 |  Getafe
| 1–1 | 0–3 |
| Bolton Wanderers  | 1–0 | Atlético Madrid | 1–0 | 0–0 |
| Zenit San Pietroburgo  | 2–2 (a) | Villarreal | 1–0 | 1–2 |
| Galatasaray  | 1–5 | Bayer Leverkusen | 0–0 | 1–5 |
| Anderlecht .svg(1).png) | 3–2 |  Bordeaux
| 2–1 | 1–1 |
| Brann  | 1–8 | Everton | 0–2 | 1–6 |
| Zurigo  | 1–3 | Amburgo | 1–3 | 0–0 |
| Rangers | 1–1 (a) | Panathinaikos | 0–0 | 1–1 |
| PSV Eindhoven  | 4–1 |  Helsingborg
| 2–0 | 2–1 |
| Slavia Praga  | 2–3 | Tottenham Hotspur | 1–2 | 1–1 |
| Rosenborg | 1–3 |  Fiorentina
| 0–1 | 1–2 |
| CP Sportivo  | 5–0 | Basilea | 2–0 | 3–0 |
| Werder Brema | 4–0 | Braga | 3–0 | 1–0 |
| Benfica | 3–2 | Norimberga | 1–0 | 2–2 |
| Marsiglia | 3–2 | Spartak Mosca | 3–0 | 0–2 |
Round di 16
Il sorteggio per gli ottavi di finale, condotto dal segretario generale UEFA David Taylor, si è tenuto venerdì 21 dicembre 2007 alle 13:00 CET a Nyon, in Svizzera. Le partite di andata si sono giocate il 6 marzo 2008. Le seconde tappe sono state giocate il 12 e 13 marzo 2008. A differenza dei turni precedenti, le squadre dello stesso gruppo o paese possono essere sorteggiate insieme a partire dagli ottavi di finale.
| Squadra #1 | Agg. | Squadra #2 | 1a tappa | 2a tappa |
| Anderlecht | 2–6 | Bayern Monaco | 0–5 | 2–1 |
| Rangers | 2–1 | Werder Brema | 2–0 | 0–1 |
| Bolton Wanderers | 1–2 | CP Sportivo | 1–1 | 0–1 |
| Bayer Leverkusen | 3–3 (a) | Amburgo | 1–0 | 2–3 |
| Benfica | 1–3 | Getafe | 1–2 | 0–1 |
| Fiorentina | 2–2 (4–2p) | Everton | 2–0 | 0-2 (aet) |
| Tottenham Hotspur | 1–1 (5–6p) | PSV Eindhoven | 0–1 | 1-0 (aet) |
| Marsiglia | 3–3 (a) | Zenit San Pietroburgo | 3–1 | 0–2 |
Quarti di finale
Il sorteggio dei quarti di finale, delle semifinali e della finale, condotto dal segretario generale UEFA David Taylor e da Denis Law, ambasciatore della finale di Manchester, si è tenuto venerdì 14 marzo 2008 alle 14:00 CET a Nyon, in Svizzera. Le prime fasi dei quarti di finale sono state giocate il 3 aprile e le seconde fasi il 10 aprile 2008.
| Squadra #1 | Agg. | Squadra #2 | 1a tappa | 2a tappa |
| Bayer Leverkusen | 2–4 | Zenit San Pietroburgo | 1–4 | 1–0 |
| Rangers | 2–0 | CP Sportivo | 0–0 | 2–0 |
| Bayern Monaco | 4–4 (a) | Getafe | 1–1 | 3-3 (aet) |
| Fiorentina | 3–1 | PSV Eindhoven | 1–1 | 2–0 |
Semifinali
Le partite di semifinale sono state giocate il 24 aprile e il 1° maggio 2008.
| Squadra #1 | Agg. | Squadra #2 | 1a tappa | 2a tappa |
| Bayern Monaco | 1–5 | Zenit San Pietroburgo | 1–1 | 0–4 |
| Rangers | 0–0 (4–2p) | Fiorentina | 0–0 | 0-0 (aet) |
Finale
La finale è stata disputata dalla squadra russa Zenit San Pietroburgo e dalla squadra scozzese Rangers il 14 maggio 2008 al City of Manchester Stadium di Manchester, in Inghilterra. Lo Zenit ha vinto la partita per 2-0, con i gol di Igor Denisov e Konstantin Zyryanov negli ultimi 20 minuti di gioco, regalando allo Zenit il primo titolo di Coppa UEFA.
La notte è stata funestata dai disordini di una minoranza di sostenitori dei Rangers nel centro di Manchester.
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Vincitore della Coppa UEFA 2007-08
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| FC Zenit San Pietroburgo
Primo titolo |
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