Uno spettrometro di massa è tipicamente usato in uno dei due modi: Scansione completa o monitoraggio ionico selettivo (SIM). Il tipico GC-MS può funzionare in entrambi i modi da solo, o entrambi allo stesso tempo.
Scansione completa MS
Quando si raccolgono i dati nella modalità di scansione completa, viene selezionato un intervallo target di frammenti di massa da inserire nel metodo dello strumento. Un esempio di un tipico ampio range di frammenti di massa da monitorare sarebbe m/z 50 a m/z 400. La determinazione di quale intervallo utilizzare è in gran parte determinata da ciò che ci si aspetta di trovare nel campione, pur essendo consapevoli del solvente e di altre possibili interferenze. Se una SM cerca frammenti di massa con un m/z molto basso, può rilevare l'aria o altri possibili fattori di interferenza. L'utilizzo di un ampio range di scansione diminuisce la sensibilità dello strumento. La macchina eseguirà meno scansioni al secondo perché ogni scansione richiederà più tempo per rilevare una gamma più ampia di frammenti di massa.
La scansione completa è utile per determinare i composti sconosciuti in un campione. Fornisce più informazioni della SIM quando si tratta di confermare o risolvere i composti in un campione. La maggior parte degli strumenti sono controllati da un computer che gestisce un programma per computer chiamato "metodo dello strumento". Il metodo strumentale controlla la temperatura nel GC, la velocità di scansione MS e la gamma delle dimensioni dei frammenti rilevati. Quando un chimico sta sviluppando un metodo strumentale, il chimico invia le soluzioni di prova attraverso il GS-MS in modalità di scansione completa. Questo controlla il tempo di ritenzione del GC e l'impronta del frammento di massa prima di passare ad un metodo strumentale SIM. Gli strumenti GC-MS specializzati, come i rivelatori di esplosivi, hanno un metodo strumentale precaricato in fabbrica.
Monitoraggio ionico selezionato
Nel monitoraggio ionico selezionato (SIM), il metodo dello strumento si concentra su alcuni frammenti di ioni. Solo questi frammenti di massa vengono rilevati dallo spettrometro di massa. Il vantaggio del SIM è che il limite di rilevazione è più basso, poiché lo strumento guarda solo un piccolo numero di frammenti (ad es. tre frammenti) durante ogni scansione. Ogni secondo possono essere effettuate più scansioni. Poiché vengono monitorati solo pochi frammenti di massa di interesse, le interferenze della matrice sono tipicamente più basse. Per migliorare le possibilità di leggere correttamente un risultato positivo, i rapporti ionici dei vari frammenti di massa sono paragonabili ad uno standard di riferimento noto.
Tipi di ionizzazione
Dopo che le molecole percorrono la lunghezza della colonna, passano attraverso la linea di trasferimento ed entrano nello spettrometro di massa e vengono ionizzate con vari metodi. In genere si usa un solo metodo di ionizzazione in un dato momento. Una volta che il campione è frammentato sarà poi rilevato, di solito da un diodo moltiplicatore di elettroni. Il diodo tratta il frammento di massa ionizzata come un segnale elettrico che viene poi rilevato.
I chimici selezionano una tecnica di ionizzazione separatamente dalla scelta della scansione completa o del monitoraggio della SIM.
Ionizzazione elettronica
Il tipo di ionizzazione più comune è la ionizzazione elettronica (EI). Le molecole entrano nella MS (la sorgente è un quadrupolo o la trappola ionica stessa in una trappola ionica MS) dove vengono colpite con elettroni liberi emessi da un filamento. Questo è come il filamento che si trova in una lampadina a incandescenza standard. Gli elettroni colpiscono le molecole, causando la frammentazione della molecola in un modo caratteristico che può essere ripetuto. Questa tecnica di "ionizzazione dura" porta alla creazione di più frammenti di basso rapporto massa/carica (m/z). L'EI ha pochi, se non nessuno, frammenti con una massa che è vicina alla massa della molecola originale. I chimici ritengono che la ionizzazione dura spari elettroni nelle molecole del campione. Al contrario, la "ionizzazione morbida" consiste nel mettere una carica sulla molecola del campione colpendola con un gas introdotto. Il modello di frammentazione molecolare dipende dall'energia degli elettroni applicata al sistema, tipicamente 70 eV (elettronvolt). L'uso di 70 eV aiuta a confrontare gli spettri generati dal campione di prova con gli spettri noti della biblioteca. (Gli spettri della biblioteca possono provenire da software forniti dal produttore o da software sviluppato dal National Institute of Standards (NIST-USA)). Il software ricerca gli spettri della libreria utilizzando un algoritmo di corrispondenza come Probability Based Matching o dot-product matching. Molte agenzie di standardizzazione dei metodi controllano ora questi algoritmi e metodi per assicurare la loro obiettività.
Ionizzazione chimica
Nella ionizzazione chimica (CI), un gas reagente, tipicamente metano o ammoniaca, viene messo nello spettrometro di massa. Ci sono due tipi di CI: CI positivo o negativo. In entrambi i casi, il gas reagente interagisce con gli elettroni e l'analita e causa una ionizzazione "morbida" della molecola di interesse. Una ionizzazione più morbida frammenta la molecola ad un grado inferiore rispetto alla ionizzazione dura dell'EI. I chimici preferiscono l'IC rispetto all'EI. Questo perché l'IC produce almeno un frammento di massa con un peso, che è quasi uguale al peso molecolare dell'analita di interesse.
Ionizzazione chimica positiva
Nella ionizzazione chimica positiva (PCI) il gas reagente interagisce con la molecola bersaglio, il più delle volte con uno scambio di protoni. Questo produce la specie ionica in quantità relativamente elevate.
Ionizzazione chimica negativa
Nella ionizzazione chimica negativa (NCI) il gas reagente diminuisce l'impatto degli elettroni liberi sull'analita bersaglio. Questa diminuzione di energia lascia tipicamente il frammento in grande quantità. (I frammenti non si rompono ulteriormente).
Interpretazione
L'obiettivo primario dell'analisi strumentale è quello di misurare una quantità di sostanza. Ciò viene fatto confrontando le concentrazioni relative tra le masse atomiche nello spettro di massa generato. Sono possibili due tipi di analisi, comparativa e originale. L'analisi comparativa confronta essenzialmente lo spettro dato con una libreria di spettro per vedere se le sue caratteristiche sono presenti per qualche campione noto nella libreria. Questo viene eseguito al meglio da un computer perché ci sono molte distorsioni visive che possono verificarsi a causa delle variazioni di scala. I computer possono anche correlare più dati (come i tempi di conservazione identificati dal GC), per mettere in relazione più accuratamente alcuni dati.
Un altro metodo di analisi misura i picchi in relazione l'uno all'altro. In questo metodo, il picco più alto è impostato al 100%. Agli altri picchi viene dato un valore pari al rapporto tra l'altezza del picco e l'altezza del picco più alto. Tutti i valori superiori al 3% sono assegnati. La massa totale del composto sconosciuto viene normalmente indicata dal picco genitore. Il valore di questo picco genitore può essere utilizzato per adattarsi ad una formula chimica contenente i vari elementi che si ritiene siano presenti nel composto. Lo schema isotopico nello spettro è unico per gli elementi che hanno molti isotopi. Quindi, può anche essere usato per identificare i vari elementi presenti. Questo indica la formula chimica complessiva della molecola sconosciuta. Poiché la struttura e i legami di una molecola si rompono in modi caratteristici, essi possono essere identificati dalla differenza delle masse di picco. La struttura molecolare identificata deve essere coerente con le caratteristiche registrate da GC-MS. In genere, questa identificazione viene effettuata automaticamente dai programmi per computer forniti con lo strumento. Questi programmi confrontano gli spettri con una libreria di composti noti che hanno la stessa lista di elementi che potrebbero essere presenti nel campione.
Un'analisi a "spettro completo" considera tutti i "picchi" all'interno di uno spettro. Ma il monitoraggio selettivo degli ioni (SIM) monitora solo i picchi selezionati associati ad una specifica sostanza. I chimici suppongono che ad un dato tempo di ritenzione, un insieme di ioni sia caratteristico di un certo composto. La SIM è un'analisi veloce ed efficiente. La SIM funziona meglio quando l'analista ha informazioni precedenti su un campione o sta cercando solo alcune sostanze specifiche. Quando la quantità di informazioni raccolte sugli ioni in un determinato picco gascromatografico diminuisce, la sensibilità dell'analisi aumenta. Quindi, l'analisi SIM consente di rilevare e misurare una quantità minore di un composto. Ma il grado di certezza sull'identità di quel composto si riduce.
GC-tandem MS
Quando si aggiunge una seconda fase di frammentazione di massa, ad esempio utilizzando un secondo quadrupolo in uno strumento a quadrupolo, si chiama tandem MS (MS/MS). Gli MS/MS sono bravi a misurare bassi livelli di composti target in un campione con una matrice di composti di fondo che non sono di interesse.
Il primo quadrupolo (Q1) è collegato con una cella di collisione (q2) e un altro quadrupolo (Q3). Entrambi i quadrupoli possono essere utilizzati in modalità di scansione o statica, a seconda del tipo di analisi MS/MS utilizzata. I tipi di analisi includono la scansione ionica del prodotto, la scansione ionica del precursore, il monitoraggio della reazione selezionata (SRM) e la scansione della perdita neutra. Per esempio: Quando il Q1 è in modalità statica (guardando una sola massa come nella SIM), e il Q3 è in modalità di scansione, si ottiene un cosiddetto spettro ionico di prodotto (chiamato anche "spettro figlia"). Da questo spettro, si può selezionare uno ione prodotto prominente che può essere lo ione prodotto per lo ione precursore scelto. La coppia è chiamata "transizione" e costituisce la base per gli SRM. SRM è altamente specifico ed elimina quasi completamente lo sfondo della matrice.