Il sistema immunitario innato difende l'ospite dalle infezioni. Comprende cellule che riconoscono e rispondono subito agli agenti patogeni (germi). La risposta del sistema immunitario innato non è specifica: risponde allo stesso modo a tutti gli agenti patogeni che riconosce.

A differenza del sistema immunitario adattativo, il sistema immunitario innato non dà un'immunità duratura contro le infezioni specifiche.

I sistemi immunitari innati danno una difesa immediata contro le infezioni e si trovano in tutta la vita vegetale e animale. Il sistema innato è la strategia di difesa evolutivamente più vecchia. È il principale sistema immunitario che si trova nelle piante, nei funghi, negli insetti e negli organismi multicellulari primitivi. Il sistema non è adattabile e non cambia nel corso della vita di un individuo.

Il sistema immunitario innato dei vertebrati: