Il pianeta Krypton affronta la distruzione imminente a causa di un nucleo instabile, e il suo consiglio di governo è sotto la minaccia del ribelle Generale Zod e dei suoi seguaci. Lo scienziato Jor-El e sua moglie Lara-El imprimono segretamente un codice genetico nelle cellule del loro figlio appena nato Kal-El, e lo lanciano su una nave spaziale verso la Terra per preservare la razza kryptoniana. Dopo che Zod uccide Jor-El, lui e i suoi seguaci vengono esiliati nella Zona Fantasma, ma riescono a fuggire quando Krypton esplode. Il neonato Kal-El atterra sulla Terra a Smallville, Kansas, dove viene scoperto dalla coppia Jonathan e Martha Kent, che lo chiamano Clark e lo crescono come loro figlio adottivo.
La fisiologia kryptoniana di Clark gli conferisce capacità sovrumane sulla Terra. Il giovane Clark impara gradualmente ad affinare le abilità che inizialmente gli causano confusione e disagio. Jonathan rivela all'adolescente Clark di essere un alieno e gli consiglia di non utilizzare i suoi poteri in pubblico, temendo che la società lo rifiuti. Dopo la morte di Jonathan, un adulto Clark trascorre i prossimi anni vivendo uno stile di vita nomade, facendo diversi lavori sotto falso nome per coprire le sue tracce e nascondere la sua identità. Alla fine scopre una nave da esplorazione kryptoniana con una tecnologia che gli permette di comunicare con la coscienza di Jor-El sotto forma di ologramma. Lois Lane, una giornalista del Daily Planet vincitrice del premio Pulitzer, scopre anche lei la nave mentre segue una storia, e viene salvata da Clark quando viene ferita. L'editore di Lois, Perry White, rifiuta la sua storia di un soccorritore "sovrumano", così lei rintraccia Clark a Smallville con l'intenzione di scrivere un reportage. Dopo aver ascoltato la sua storia, decide di non rivelare il suo segreto.
Rilevando il ricognitore, Zod si reca sulla Terra dove esige che Kal-El si arrenda a lui, o l'umanità ne subirà le conseguenze. Clark accetta di arrendersi all'esercito americano, che consegna Lois e Clark al comandante in seconda di Zod, Faora. Zod rivela che intende usare un "motore mondiale" di terraformazione per trasformare la Terra in un pianeta simile a Krypton, sradicare la popolazione umana e usare il codice per ripopolare il pianeta con kryptoniani geneticamente modificati. Dopo che Clark e Lois fuggono dalla nave, Clark sconfigge Faora e un altro degli scagnozzi di Zod a Smallville, convincendo i militari che lui è dalla loro parte. Zod dispiega il motore mondiale e inizia la terraformazione a Metropolis e sull'Oceano Indiano.
Clark, ora soprannominato "Superman", ferma il motore mondiale nell'Oceano Indiano. I militari usano l'astronave che ha portato Superman sulla Terra in un attacco aereo per creare un portale che riporta la nave di Zod e il suo equipaggio nella Zona Fantasma. Solo Zod rimane, e lui e Superman si affrontano. Dopo una battaglia, Superman è costretto a uccidere Zod per salvare un gruppo di civili innocenti che Zod tenta di uccidere. Superman decide di fondersi nella società indossando occhiali da vista, essendo mite, e riprendendo la sua identità di Clark Kent. Viene assunto da White per lavorare come reporter per il Daily Planet
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