Il termine chiesa nazionale è di solito un riferimento a un'organizzazione della chiesa nel cristianesimo che rivendica la giurisdizione pastorale su una nazione. Il termine non deve essere confuso con chiesa stabilita (chiesa di stato): una chiesa nazionale differisce da una chiesa di stato in quanto una chiesa nazionale non ha necessariamente bisogno di essere ufficialmente approvata dallo stato, e può anche essere perseguitata dal governo (come le chiese ortodosse erano perseguitate sotto i regimi comunisti).
Il termine chiesa nazionale (o chiesa indipendente) è molto usato all'interno, ma non è abbreviato, della Comunione anglicana e del cristianesimo ortodosso. Per esempio, la Chiesa episcopalenegli Stati Uniti d'America si considera la chiesa nazionale degli Stati Uniti.
Nel cattolicesimo, il termine chiesa nazionale può significare una parrocchia che si rivolge agli immigrati di un'altra nazione.