George Washington Parke Custis era il nipote di Martha Washington, ed è cresciuto con Martha e George Washington. Nel 1802 ottenne la terra che ora è il Cimitero Nazionale di Arlington. Cominciò a costruire Arlington House, dove visse con sua moglie Mary Lee Fitzhugh Custis. Il terreno e la casa furono dati alla loro unica figlia che viveva da adulta, Mary Anna Custis Lee. Era sposata con Robert E. Lee, laureato a West Point e ufficiale dell'esercito degli Stati Uniti. Quando Fort Sumter fu costretto ad arrendersi all'inizio della guerra civile americana, il presidente Abraham Lincoln chiese a Lee di diventare generale dell'esercito federale. Lee non diede subito una risposta, ma aspettò di vedere se il suo stato natale della Virginia avrebbe lasciato l'Unione.
Lee ha lasciato l'esercito federale quando la Virginia ha detto che lasciava gli Stati Uniti. Decise che non poteva combattere contro il suo stato natale. Divenne il leader delle forze armate del Commonwealth della Virginia. Divenne poi comandante dell'esercito della Virginia del Nord. Lee fu un grande comandante e vinse diverse battaglie contro le forze dell'Unione. La maggior parte degli ufficiali dell'Unione pensavano che Lee avesse infranto le sue promesse all'Unione perché aveva scelto di combattere contro di loro. Una parte di Arlington fu sottratta alla famiglia Lee e divenne un cimitero. La maggior parte dei morti dell'Unione sono sepolti lì.
Prima della guerra civile, gli Stati Uniti non avevano grandi cimiteri solo militari. Importanti generali furono sepolti nel Cimitero del Congresso insieme ad altri importanti leader. I cimiteri militari americani erano necessari su frontiere lontane e vicino a battaglie e ospedali dove morirono molti soldati. Quando i soldati morti della Guerra Civile riempirono i cimiteri vicino a Washington, D.C., il quartiermastro generale Montgomery C. Meigs propose nel 1864 che 200 acri (81 ettari) della proprietà della famiglia Robert E. Lee ad Arlington fossero presi per un cimitero.
Durante la Guerra Civile, la gente inventava trucchi per catturare o rendere la vita difficile agli americani che combattevano dall'altra parte della guerra. Il governo valutava le tasse sulle proprietà e insisteva affinché i proprietari si presentassero di persona per pagarle. Se il proprietario della piantagione non veniva, il governo vendeva la terra. Il governo comprò Arlington alla vendita fiscale nel 1864 per 26.800 dollari. La signora Lee non si presentò di persona, ma piuttosto aveva inviato un agente per pagare i 92,07 dollari di tasse sulla proprietà che erano dovute per il terreno. Il governo respinse il suo agente, rifiutando di accettare il pagamento delle tasse. Nel 1874, Custis Lee, erede per volontà del nonno, passando il patrimonio in amministrazione fiduciaria alla madre, fece causa agli Stati Uniti rivendicando la proprietà di Arlington. Dopo che la Corte Suprema degli Stati Uniti si pronunciò 5-4 a favore di Lee negli Stati Uniti contro Lee, decidendo che Arlington era stato preso illegalmente, il Congresso gli restituì il terreno. L'anno successivo, Custis Lee lo rivendeva al governo per 150.000 dollari. Custis Lee e Robert Todd Lincoln, segretario di guerra e figlio del presidente Lincoln, erano entrambi presenti quando la proprietà fu ufficialmente consegnata al governo.
Nel 2011, l'uragano Irene ha ucciso sei grandi alberi al cimitero. La "Quercia di Arlington", vecchia di 220 anni, è caduta vicino alla tomba di John F. Kennedy.
